在分子生物學研究中，DNA的序列分析是進一步研究和改造目的基因的基礎。目前用于DNA測序的技術主要有Frederick Sanger發明的Sanger雙脫氧鏈終止法（Chain Termination Method）。快速DNA測序方法的出現極大地推動了生物學和醫學的研究和發現。

測序原理

利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物，直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。每一次序列測定由一套四個單獨的反應構成，每個反應含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基團，使延長的寡聚核苷酸選擇性地在G、A、T或C處終止。終止點由反應中相應的雙脫氧而定。每一種dNTPs和ddNTPs的相對濃度可以調整，使反應得到一組長幾百至幾千堿基的鏈終止產物。它們具有共同的起始點，終止點由反應中相應的雙脫氧而定。

測序方法

基因分析儀(即DNA測序儀)，采用毛細管電泳技術取代傳統的聚丙烯酰胺平板電泳，應用四色熒光染料標記的ddNTP(標記終止物法)，因此通過單引物PCR測序反應，生成的PCR產物則是相差1個堿基的3'末端為4種不同熒光染料的單鏈DNA混合物，使得四種熒光染料的測序PCR產物可在一根毛細管內電泳，從而避免了泳道間遷移率差異的影響，大大提高了測序的精確度。

由于分子大小不同，在毛細管電泳中的遷移率也不同，當其通過毛細管讀數窗口段時，激光檢測器窗口中的CCD(charge-coupled device)攝影機檢測器就可對熒光分子逐個進行檢測，激發的熒光經光柵分光，以區分代表不同堿基信息的不同顏色的熒光，并在CCD攝影機上同步成像，分析軟件可自動將不同熒光轉變為DNA序列，從而達到DNA測序的目的。分析結果能以凝膠電泳圖譜、熒光吸收峰圖或堿基排列順序等多種形式輸出。

測序設備

DNA測序儀(3730xl DNA Analyzer)，性能特點，自動化程度高，提供連續、無需監控的操作，自動灌膠、上樣、電泳分離、檢測及數據分析，可連續運行24小時無需人工干預。樣品分析量大，一束毛細管可同時對96個樣品進行全自動分析，一天可完成數百個樣品的測序或片段分析工作。

先進的熒光檢測系統，采用光柵分光，CCD攝像機成像技術，實現多色熒光同時檢測，與傳統的濾鏡及光電倍增管的檢測方式相比，光柵及CCD的優勢在于更新熒光化學時無需更換任何硬件設備。從激光光源發出的光線被光學元件分成兩股，96根毛細管被一束激光同時從兩面照射，有效提高熒光檢測靈敏度和均一性。

測序流程