上海伯豪三代測(cè)序服務(wù)助力梭狀芽胞桿菌研究

瀏覽次數(shù)：5159　發(fā)布日期：2015-11-20　來(lái)源：上海伯豪生物技術(shù)有限公司

研究背景：

含碳?xì)怏w，如CO、CO₂等，是重要的碳資源。構(gòu)建能夠高效利用含碳?xì)怏w的人工細(xì)胞工廠，實(shí)現(xiàn)將其生物轉(zhuǎn)化為石油基化學(xué)品，將為解決全球資源和能源問(wèn)題開(kāi)辟一條新路，對(duì)工業(yè)可持續(xù)發(fā)展具有重大意義。梭菌是一類重要的可利用含碳?xì)怏w產(chǎn)生各類化學(xué)品的厭氧微生物。而其中，Clostridium carboxidivorans P7^T是為數(shù)不多的可合成長(zhǎng)鏈醇（如正丁醇和己醇）的自養(yǎng)菌。鑒于Clostridium carboxidivorans P7^T的良好工業(yè)應(yīng)用前景，其全基因組序列的完成對(duì)于在分子水平研究和改造該菌至關(guān)重要。

文章亮點(diǎn)：

1．首次完成該厭氧菌的全基因組精圖及注釋。

2．發(fā)現(xiàn)與其主要產(chǎn)物合成相關(guān)關(guān)鍵基因，為后續(xù)代謝工程改造奠定基礎(chǔ)。

結(jié)果分析：

我們利用二代測(cè)序儀MiSeq System和三代測(cè)序儀PacBio RS II system，成功完成P7的全基因組測(cè)序及拼接工作，并進(jìn)行了全基因組注釋（圖1）。拼接及注釋結(jié)果表明：C. carboxidivorans P7全基因組總大小為5.73 Mbp，包含5,732,880 bp的環(huán)形染色體和19,902 bp的大質(zhì)粒，GC含量29.9%；利用NCBI PGAP預(yù)測(cè)共有4973個(gè)基因編碼序列，11個(gè)rRNA，71個(gè)tRNA(表1)。（該研究中PacBio RS II測(cè)序服務(wù)由上海伯豪生物技術(shù)有限公司提供）

圖1 C. carboxidivorans P7染色體圖譜

表1 本研究得到的C. carboxidivorans P7全基因組與已報(bào)道草圖比較結(jié)果

	Bruant et al. (2010)	Paul et al. (2010)	本研究
測(cè)序平臺(tái)	454 FLX	454 FLX	PacBio RS II
基因組大小 (Mbp)	5.63	4.4	5.73
質(zhì)粒大小 (bp)	19,899	−	19,902
GC含量 (%)	29.7	29.7	29.9 (c), 27.5 (p)
CDS	5,347	4,174	4,951(c)+22 (p)
rRNAs (5S, 16S, 23S)	4	3	11
tRNAs	49	49	71

c: chrosome; p: plasmid; -: no data presented.

原文出處：Li N, Yang J, Chai C, Yang S, Jiang W, Gu Y. Complete genome sequence of Clostridium carboxidivorans P7(T), a syngas-fermenting bacterium capable of producing long-chain alcohols.J Biotechnol. 2015.

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標(biāo)簽：三代測(cè)序服務(wù) PacBio RS II測(cè)序梭狀芽胞桿菌

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