免疫肽組學驅動卵巢癌隱秘抗原肽的發現
卵巢癌是一種預后極差的婦科惡性腫瘤，5年生存率低于50%。盡管免疫治療在多種癌癥中取得成功，但在卵巢癌中的效果有限。既往研究發現，卵巢癌組織中CD3+和CD8+ T細胞的浸潤與預后相關，但具體抗原尚不明確。近期研究顯示，HLA I類分子可呈遞非編碼區域產生的隱秘肽，這些肽段可能成為潛在的腫瘤特異性抗原。本研究旨在探索這些隱秘肽段的免疫原性及其在卵巢癌中的作用。
▶ 發表時間：2025年3月13日
▶ 期刊：《Science Advances》
▶ 發表團隊：梅奧診所等團隊
▶ 文章標題：Immunogenic cryptic peptides dominate the antigenic landscape of ovarian cancer
▶ 核心內容：研究通過免疫肽組學和RNA測序，從5例卵巢癌患者的腫瘤樣本中鑒定出311個隱秘肽段，其中70%能夠激活自體CD8+ T細胞，表現出顯著的免疫原性。研究還發現，這些肽段在其他癌癥類型中也有一定的共享性，表明它們可能是一個豐富的免疫治療靶點來源。這些發現為開發針對卵巢癌的個性化免疫療法提供了新的方向。
研究者從5例晚期卵巢癌患者中收集腫瘤組織、相鄰正常組織和腹水樣本，進行RNA測序和免疫肽組檢測。利用免疫肽組學技術，富集并鑒定HLA I類分子呈遞的肽段，結合RNA測序構建的個性化蛋白數據庫，篩選出非編碼區域產生的隱秘肽段。通過體外T細胞刺激實驗，評估這些隱秘肽段的免疫原性，檢測其激活自體CD8+ T細胞的能力。此外，研究還利用公共數據庫分析隱秘肽段在其他腫瘤中的表達情況，以評估其作為免疫治療靶點的潛力。整個實驗設計涵蓋了從樣本收集到功能驗證的全過程，為發現新的腫瘤抗原提供了有力支持。
圖1. 文章實驗思路和設計
一、HLA I免疫肽組學檢測：
通過免疫肽組學分析，研究者從5例卵巢癌患者的腫瘤樣本中鑒定了HLA I類分子呈遞的肽段。這些肽段的長度分布符合預期，且與患者的HLA類型匹配。實驗結果表明，免疫肽組學分析能夠準確鑒定與HLA I類分子結合的肽段，為后續研究奠定了基礎。
圖2. HLA I型免疫肽的檢測結果
研究者利用RNA測序和質譜分析，從5例患者的腫瘤樣本中鑒定出311個隱秘肽段，平均每位患者約60個。這些隱秘肽段主要來源于非編碼區域，如假基因、長非編碼RNA和反義RNA。盡管這些肽段在總免疫肽組中占比不到1%，但它們是主要的抗原類別。
圖3. 卵巢癌中隱秘肽鑒定
研究發現，隱秘肽段在卵巢癌中的抗原性顯著高于其他已知的腫瘤特異性和腫瘤相關抗原。這些隱秘肽段在不同患者之間有一定的共享性，并且在其他癌癥類型中也有發現。這表明隱秘肽段可能是一個豐富的免疫治療靶點來源。
圖4. 非編碼轉錄本中的隱秘抗原是腫瘤抗原的可靠來源
研究者篩選出具有高結合親和力和腫瘤特異性的隱秘肽段。這些肽段在腫瘤組織中的表達水平顯著高于正常組織，且在正常組織中很少或不表達。通過這些篩選步驟，研究者成功鑒定了9到10個具有免疫原性的隱秘肽段，為后續的功能驗證提供了候選靶點。
圖5. 候選抗原肽篩選的流程
研究者通過體外T細胞刺激實驗，發現約70%的隱秘肽段能夠激活自體CD8+ T細胞，表現為4-1BB和IFN-γ表達增加。此外，研究還通過肽-MHC四聚體檢測到針對這些隱秘肽段的特異性CD8+ T細胞克隆。這些結果表明，隱秘肽段具有顯著的免疫原性，能夠激發T細胞反應。
圖6. 非編碼隱秘抗原能夠激活患者來源的T細胞
本研究通過免疫肽組學和RNA測序，從5例卵巢癌患者的腫瘤樣本中鑒定出311個隱秘肽段，其中70%能夠激活自體CD8+ T細胞，表現出顯著的免疫原性。這些發現為開發針對卵巢癌的個性化免疫療法提供了新的方向，尤其是在傳統免疫治療效果不佳的患者中。未來的研究需要進一步探索隱秘肽段在其他癌癥類型中的作用，并評估其作為免疫治療靶點的潛力。
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