Scienion點樣儀二月文獻速遞匯總閱讀
關于 SCIENION
SCIENION是一家在超低液量噴點技術(shù)方面優(yōu)越的全球性設備制造商。適合將寡核苷酸，蛋白質(zhì)，抗體和聚糖等試劑裝載到生物芯片或相關診斷器械上。Scienion的點樣儀有著高效、精確的點樣能力和解決方案，可以顯著提升這項研究的實驗設計和結(jié)果的可靠性，提高實驗效率和數(shù)據(jù)質(zhì)量，從而推動臨床診斷工具的發(fā)展。
以下是SCIENION的2月出版物:
01文獻鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-024-55672-2
這篇文章主要探討了蛋白質(zhì)選擇性（即蛋白質(zhì)如何區(qū)分優(yōu)選和非優(yōu)選配體）的機制，特別是通過研究人類轉(zhuǎn)錄因子MAX的變異體如何影響DNA序列的特異性和選擇性。研究的核心目標是揭示影響轉(zhuǎn)錄因子對DNA結(jié)合選擇性的生物物理機制，這對預測生物功能和蛋白質(zhì)工程具有重要意義。研究結(jié)果強調(diào)了構(gòu)象異質(zhì)性在決定序列選擇性方面的重要性，并為未來的選擇性蛋白質(zhì)工程提供了指導。這些結(jié)果突顯了構(gòu)象異質(zhì)性在決定序列選擇性方面的重要性，并可指導未來設計選擇性蛋白質(zhì)的工作。
02
文獻鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/
pii/S0144861725000438
這篇文章研究了硫酸軟骨素（Chondroitin sulfate, CS）的硫酸化對其與血管內(nèi)皮生長因子（VEGF-A）和成纖維生長因子2（FGF-2）結(jié)合的影響，旨在探討CS在抗腫瘤血管生成中的作用及其機制。
通過將糖鏈微陣列與計算模型相結(jié)合，研究揭示了CS的結(jié)構(gòu)與其與促血管生成因子相互作用之間的關系。研究結(jié)果表明，在設計抗血管生成藥物時，應考慮CS的硫酸化程度和特定的硫酸化模式。總體而言，這項研究為理解CS的生物學功能提供了新的見解，并為開發(fā)更有效的抗血管生成藥物提供了理論基礎。
03
文獻鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41598-024-79472-2
這篇文章主要討論了宮頸癌的預防、檢測和診斷，特別是在資源有限的環(huán)境中面臨的挑戰(zhàn)。盡管宮頸癌可以通過篩查和治療宮頸癌前期病變來預防，但在低收入和中等收入國家（LMICs）中，宮頸癌的負擔仍然很高，部分原因是缺乏負擔得起且易于使用的篩查和診斷測試。
研究還展示了該測試在細胞樣本中的臨床相關檢測下限，并通過一項小型試點研究（n=19）驗證了其臨床性能，結(jié)果顯示該紙基HPV E7測試在與宮頸上皮內(nèi)瘤變等級2或以上（CIN2+）的組織病理學診斷相比時，準確率高達95%。文章最后提到，通過進一步的臨床驗證，這種檢測方法可以實現(xiàn)高度特異性的宮頸癌前病變和癌癥的床旁檢測，無需儀器，價格低廉，非常適合在資源有限的環(huán)境中使用。總體而言，這項研究為宮頸癌的早期檢測提供了一種創(chuàng)新的、可行的解決方案，旨在減少資源有限地區(qū)的疾病負擔。
04
文獻鏈接：
http://dx.doi.org/10.1101/2025.01.15.633299
注：此文獻鏈接打開可能需連接 VPN
這篇文章主要介紹了一種新的微流控平臺——SPARKfold(Simultaneous Proteolysis Assay Revealing Kinetics of Folding)，旨在解決蛋白質(zhì)折疊過程中對動力學穩(wěn)定性測量的挑戰(zhàn)。文章指出，盡管蛋白質(zhì)在折疊后會短暫地采樣未折疊或部分未折疊的中間體，這些中間體往往容易發(fā)生不可逆的改變（如蛋白水解、聚集或后翻譯修飾），并且動力學穩(wěn)定性除了熱力學穩(wěn)定性之外，還會直接影響蛋白質(zhì)的壽命、豐度以及形成替代的、可能破壞性的狀態(tài)。文章展示了SPARKfold的能力和潛力，通過并行測定1,104個蛋白樣本的展開速率常數(shù)。通過SPARKfold比較突變對動力學效應的影響，并結(jié)合之前發(fā)表的折疊熱力學測量，研究者獲取了關于折疊過渡態(tài)和路徑的信息。未來的研究中，SPARKfold可以揭示驅(qū)動錯誤折疊和聚集的突變，并促進對在惡劣環(huán)境中工業(yè)應用的動力學超穩(wěn)定變體的理性設計。
05
文獻下載鏈接：
https://www.preprints.org/frontend/
manuscript/fd888694ef578dab428
47290d19d0dce/download_pub
這篇文章主要研究了外泌體(extracellular vesicles, EVs)在細胞受到細胞毒性環(huán)境影響時的特征，特別是在暴露于苯并芘(benzo-a-pyrene, B[a]P)這種多環(huán)芳烴下的情況。文章強調(diào)了EVs作為生物標志物在多種疾病和治療應用中的潛力，并提供了對來自人類微血管內(nèi)皮細胞(HMEC-1)產(chǎn)生的10K EVs的深入表征。結(jié)果表明，B[a]P暴露可能導致EV的大小增加和標記物表達的變化，指示在細胞毒性壓力下EV的表型發(fā)生了轉(zhuǎn)變。這項研究強調(diào)了SPRi 和 AFM 在鑒定與細胞毒性反應相關的EV標記物方面的作用，為了解 EV的異質(zhì)性提供了深刻見解。
06
文獻鏈接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/
2025.01.29.635407v1.abstract
這篇文章主要研究了植物細胞壁在植物免疫中的作用，特別是細胞壁衍生分子（如損傷相關分子模式，DAMPs）在免疫信號傳導中的潛力。雖然已知來自同聚半乳糖醛酸（homogalacturonan）的寡聚半乳糖醛酸是重要的DAMPs，但其他細胞壁成分的免疫信號潛力仍然沒有得到充分探討。此研究還鑒定了與ARM受體相互作用和免疫激活所需的RG-I寡糖結(jié)構(gòu)，并發(fā)現(xiàn)ARM受體在植物免疫中起到冗余作用。
本文提出的方法為發(fā)現(xiàn)植物中的糖類-受體配對提供了一個強大的平臺，拓展了對植物免疫機制的理解。
SCIENION是一家在超低液量噴點技術(shù)方面優(yōu)越的全球性設備制造商。適合將寡核苷酸，蛋白質(zhì)，抗體和聚糖等試劑裝載到生物芯片或相關診斷器械上。Scienion的點樣儀有著高效、精確的點樣能力和解決方案，可以顯著提升這項研究的實驗設計和結(jié)果的可靠性，提高實驗效率和數(shù)據(jù)質(zhì)量，從而推動臨床診斷工具的發(fā)展。
以下是SCIENION的2月出版物:
01文獻鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-024-55672-2
這篇文章主要探討了蛋白質(zhì)選擇性（即蛋白質(zhì)如何區(qū)分優(yōu)選和非優(yōu)選配體）的機制，特別是通過研究人類轉(zhuǎn)錄因子MAX的變異體如何影響DNA序列的特異性和選擇性。研究的核心目標是揭示影響轉(zhuǎn)錄因子對DNA結(jié)合選擇性的生物物理機制，這對預測生物功能和蛋白質(zhì)工程具有重要意義。研究結(jié)果強調(diào)了構(gòu)象異質(zhì)性在決定序列選擇性方面的重要性，并為未來的選擇性蛋白質(zhì)工程提供了指導。這些結(jié)果突顯了構(gòu)象異質(zhì)性在決定序列選擇性方面的重要性，并可指導未來設計選擇性蛋白質(zhì)的工作。
02
文獻鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/
pii/S0144861725000438
這篇文章研究了硫酸軟骨素（Chondroitin sulfate, CS）的硫酸化對其與血管內(nèi)皮生長因子（VEGF-A）和成纖維生長因子2（FGF-2）結(jié)合的影響，旨在探討CS在抗腫瘤血管生成中的作用及其機制。
通過將糖鏈微陣列與計算模型相結(jié)合，研究揭示了CS的結(jié)構(gòu)與其與促血管生成因子相互作用之間的關系。研究結(jié)果表明，在設計抗血管生成藥物時，應考慮CS的硫酸化程度和特定的硫酸化模式。總體而言，這項研究為理解CS的生物學功能提供了新的見解，并為開發(fā)更有效的抗血管生成藥物提供了理論基礎。
03
文獻鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41598-024-79472-2
這篇文章主要討論了宮頸癌的預防、檢測和診斷，特別是在資源有限的環(huán)境中面臨的挑戰(zhàn)。盡管宮頸癌可以通過篩查和治療宮頸癌前期病變來預防，但在低收入和中等收入國家（LMICs）中，宮頸癌的負擔仍然很高，部分原因是缺乏負擔得起且易于使用的篩查和診斷測試。
研究還展示了該測試在細胞樣本中的臨床相關檢測下限，并通過一項小型試點研究（n=19）驗證了其臨床性能，結(jié)果顯示該紙基HPV E7測試在與宮頸上皮內(nèi)瘤變等級2或以上（CIN2+）的組織病理學診斷相比時，準確率高達95%。文章最后提到，通過進一步的臨床驗證，這種檢測方法可以實現(xiàn)高度特異性的宮頸癌前病變和癌癥的床旁檢測，無需儀器，價格低廉，非常適合在資源有限的環(huán)境中使用。總體而言，這項研究為宮頸癌的早期檢測提供了一種創(chuàng)新的、可行的解決方案，旨在減少資源有限地區(qū)的疾病負擔。
04
文獻鏈接：
http://dx.doi.org/10.1101/2025.01.15.633299
注：此文獻鏈接打開可能需連接 VPN
這篇文章主要介紹了一種新的微流控平臺——SPARKfold(Simultaneous Proteolysis Assay Revealing Kinetics of Folding)，旨在解決蛋白質(zhì)折疊過程中對動力學穩(wěn)定性測量的挑戰(zhàn)。文章指出，盡管蛋白質(zhì)在折疊后會短暫地采樣未折疊或部分未折疊的中間體，這些中間體往往容易發(fā)生不可逆的改變（如蛋白水解、聚集或后翻譯修飾），并且動力學穩(wěn)定性除了熱力學穩(wěn)定性之外，還會直接影響蛋白質(zhì)的壽命、豐度以及形成替代的、可能破壞性的狀態(tài)。文章展示了SPARKfold的能力和潛力，通過并行測定1,104個蛋白樣本的展開速率常數(shù)。通過SPARKfold比較突變對動力學效應的影響，并結(jié)合之前發(fā)表的折疊熱力學測量，研究者獲取了關于折疊過渡態(tài)和路徑的信息。未來的研究中，SPARKfold可以揭示驅(qū)動錯誤折疊和聚集的突變，并促進對在惡劣環(huán)境中工業(yè)應用的動力學超穩(wěn)定變體的理性設計。
05
文獻下載鏈接：
https://www.preprints.org/frontend/
manuscript/fd888694ef578dab428
47290d19d0dce/download_pub
這篇文章主要研究了外泌體(extracellular vesicles, EVs)在細胞受到細胞毒性環(huán)境影響時的特征，特別是在暴露于苯并芘(benzo-a-pyrene, B[a]P)這種多環(huán)芳烴下的情況。文章強調(diào)了EVs作為生物標志物在多種疾病和治療應用中的潛力，并提供了對來自人類微血管內(nèi)皮細胞(HMEC-1)產(chǎn)生的10K EVs的深入表征。結(jié)果表明，B[a]P暴露可能導致EV的大小增加和標記物表達的變化，指示在細胞毒性壓力下EV的表型發(fā)生了轉(zhuǎn)變。這項研究強調(diào)了SPRi 和 AFM 在鑒定與細胞毒性反應相關的EV標記物方面的作用，為了解 EV的異質(zhì)性提供了深刻見解。
06
文獻鏈接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/
2025.01.29.635407v1.abstract
這篇文章主要研究了植物細胞壁在植物免疫中的作用，特別是細胞壁衍生分子（如損傷相關分子模式，DAMPs）在免疫信號傳導中的潛力。雖然已知來自同聚半乳糖醛酸（homogalacturonan）的寡聚半乳糖醛酸是重要的DAMPs，但其他細胞壁成分的免疫信號潛力仍然沒有得到充分探討。此研究還鑒定了與ARM受體相互作用和免疫激活所需的RG-I寡糖結(jié)構(gòu)，并發(fā)現(xiàn)ARM受體在植物免疫中起到冗余作用。
本文提出的方法為發(fā)現(xiàn)植物中的糖類-受體配對提供了一個強大的平臺，拓展了對植物免疫機制的理解。
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