Ribo-seq技術原理與應用方向

瀏覽次數(shù)：455　發(fā)布日期：2025-4-10　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責任自負

Ribo-seq技術原理

翻譯（Translation）是基因表達的關鍵步驟，是指信使RNA（mRNA）攜帶的遺傳信息被核糖體解碼并轉(zhuǎn)化為特定氨基酸序列的過程。蛋白質(zhì)翻譯的調(diào)控是高度精準、多層次、動態(tài)化的過程。

在全基因組水平上，轉(zhuǎn)錄與翻譯經(jīng)常存在顯著差異。通過轉(zhuǎn)錄組測序鑒定的上調(diào)表達基因中，只有其中20%在蛋白水平上調(diào)。

核糖體印跡測序（Ribosome profiling, Ribo-seq），能夠精細解析細胞內(nèi)的翻譯過程。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結(jié)合的RNA，以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結(jié)合的RNA片段進行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉(zhuǎn)錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，可以計算量化蛋白質(zhì)的合成速率。通過Ribo-seq分析，能夠鑒定新型的uORF、microPeptide、發(fā)現(xiàn)新穎的翻譯調(diào)控機制以及能夠被翻譯的lncRNA。

Ribo-seq已經(jīng)應用于解析生長發(fā)育與分化、疾病發(fā)生機制和抗逆分子機制的研究。

應用方向
Ribo-seq應用于研究轉(zhuǎn)錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、密碼子使用、ORF位置和mRNA的翻譯調(diào)控機制。

Ribo-seq技術已經(jīng)廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調(diào)控機制。總之，Ribo-seq能從基因組水平檢測正在翻譯的mRNA序列信息，揭示核糖體在mRNA上的位置和翻譯活性，并幫助解析翻譯調(diào)控機制。

藍景科信優(yōu)勢

實驗周期快、質(zhì)量高、結(jié)果穩(wěn)定可靠。
豐富的物種經(jīng)驗。

實驗流程

分析內(nèi)容
標準生信分析
（1）原始數(shù)據(jù)過濾與測序質(zhì)量評估
（2）比對去除rRNA、tRNA、sRNA等
（3）Reads長度分布統(tǒng)計與長度過濾
（4）比對參考基因組
（5）測序飽和度分析
（6）ORF在基因組上的分布統(tǒng)計與分類
（7）三堿基節(jié)律分析
（8）翻譯基因統(tǒng)計與表達量分析
（9）樣本關系分析
（10）組間差異翻譯基因分析
（11）差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析
（12）ORF的翻譯潛力分析
（13）ORF的特征分析
Ribo-seq與RNA-seq的聯(lián)合分析
（1）翻譯效率計算
（2）Ribo-seq與RNA-seq的相關性分析

（3）翻譯效率與轉(zhuǎn)錄水平的關聯(lián)分析