超聲法
機(jī)械法片段化以非偏倚的方式控制片段大小，無GC偏好性。但在打斷過程中，DNA溶液的物理散射常常導(dǎo)致DNA樣本的丟失。因此，當(dāng)投入的DNA量為皮克級(jí)時(shí)，不建議使用機(jī)械法進(jìn)行打斷。
對(duì)于dsDNA片段化，超聲打斷堪稱一代宗師。打斷的DNA片段更為集中且無偏好性，是目前NGS建庫中片段化的金標(biāo)準(zhǔn)。
深圳達(dá)遠(yuǎn)辰光科技有限公司提供的聚焦超聲樣品處理系統(tǒng)，使用高頻聚焦超聲波將能量集中于DNA樣品，整個(gè)過程溫度可控，無樣本接觸，提供了快速、標(biāo)準(zhǔn)的DNA片段化結(jié)果。
酶法
酶切法打斷是利用片段化酶對(duì)基因組DNA進(jìn)行隨機(jī)打斷，會(huì)有GC偏好性（富含GC堿基的核酸片段區(qū)域比較不容易打斷），在后續(xù)的測(cè)序分析會(huì)產(chǎn)生更多的錯(cuò)誤信息。
缺點(diǎn)：
1 容易產(chǎn)生假陽性突變
根據(jù)研究表明，相對(duì)于機(jī)械打斷法，酶法構(gòu)建的文庫中產(chǎn)生了更多的SNV（單核苷酸位點(diǎn)變異）/indels（插入缺失）。

圖1 本文研究對(duì)使用超聲和酶解片段化方法制備的相同腫瘤DNA樣品的體細(xì)胞變異進(jìn)行了比較，分析結(jié)果顯示，與通過超聲處理產(chǎn)生的文庫相比，酶切法處理的文庫中反復(fù)出現(xiàn)的人為引入的SNV（單核苷酸位點(diǎn)變異）/indels（插入缺失）數(shù)量要多2-9倍。
2 不穩(wěn)定的文庫產(chǎn)出
通過酶切時(shí)間靈活控制片段大小在 150-600 bp 之間，以適配不同的應(yīng)用場(chǎng)景。然而，在實(shí)際使用中，對(duì)于測(cè)序讀長模式相對(duì)固定（PE150）的靶向捕獲應(yīng)用而言卻是一種負(fù)擔(dān)。尤其是當(dāng)樣本數(shù)量不固定時(shí)，精確控制“分鐘級(jí)別”酶切時(shí)間，獲得均一的文庫產(chǎn)出并不容易實(shí)現(xiàn)。特別是對(duì)于FFPE樣本，該類樣本常伴隨不同程度的降解，很難用統(tǒng)一的酶切條件處理。
3 GC偏好性
可能存在GC 含量輕度升高的情況（片段化酶更加容易酶切AT）
 

	機(jī)械法	酶切法
優(yōu)勢(shì)	易于獲得大小合適的片段	無專用設(shè)備及耗材
	無偏好性	易于自動(dòng)化
	無酶和化學(xué)離子干擾	樣本投入量要求更低
	二代測(cè)序結(jié)果金標(biāo)準(zhǔn)
劣勢(shì)	需專用設(shè)備	有一定的偏好性
	樣本量要求相對(duì)更高	樣本質(zhì)量要求更高
	核酸量損耗	容易產(chǎn)生假陽性突變

在實(shí)際操作中，用戶會(huì)根據(jù)樣本的初始量、實(shí)驗(yàn)的特異性需求以及實(shí)驗(yàn)成本等因素來選擇片段化方法。
超聲法：全基因組測(cè)序、全外顯子測(cè)序、甲基化測(cè)序、ChIP-seq
酶切法：全基因組測(cè)序、全外顯子測(cè)序、宏基因組測(cè)序（mNGS）