蛋白組學是研究細胞內所有蛋白質的集合，這包括它們的表達、功能和調節。在蛋白組學研究中，"標記"和"非標記"是兩種主要的方法。

一、標記蛋白組學（Labelled Proteomics）：

在這種方法中，蛋白質或其片段被化學標記，通常是為了量化。例如，通過質譜法，可以比較不同樣本中蛋白質的相對豐度。常見的標記技術包括同位素標記（如硅酸鹽標記和氨基酸穩定同位素標記）、熒光標記等。

圖1.定量蛋白組分析

1、同位素標記（Isotope Labelling）:

->B:質譜穩定同位素標記（Mass Spectrometry-based Stable Isotope Labelling）：

包括同位素編碼親和標記（ICAT）、同位素標記的氨基酸（SILAC）和同位素標記的定量蛋白質組學（iTRAQ）。這些方法通過使用含有不同同位素的標記劑來區分來自不同樣本的蛋白質或肽段。

->B:氨基酸穩定同位素標記（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture, SILAC）：

一種生物學方法，通過在細胞培養中使用含有重同位素的氨基酸來標記蛋白質。

2、化學標記（Chemical Labelling）:

->B:熒光標記（Fluorescent Labelling）：

使用熒光染料標記蛋白質，便于在質譜或其他光學檢測方法中識別。

->B:活性基團標記（Reactive Group Labelling）：

使用特定的化學活性基團與蛋白質的特定氨基酸殘基反應，形成共價結合。

3.酶標記（Enzymatic Labelling）:

例如，使用特定酶（如激酶）對蛋白質進行修飾，然后通過特定的方法檢測這種修飾。

二、非標記蛋白組學（Label-free Proteomics）：

這種方法不涉及直接標記蛋白質。它依賴于比較不同樣本的質譜數據來分析蛋白質表達的變化。非標記方法的優點是它不需要復雜的化學處理，可以在更自然的狀態下研究蛋白質。

圖2.Label Free定量蛋白組學服務流程

1.優勢:

無需化學標記，簡化了樣本處理過程。
更適合分析大規模樣本或復雜樣本。
允許研究蛋白質在其最自然的狀態下的表達。

2.應用:

廣泛應用于疾病生物標志物的發現、蛋白質網絡的研究、藥物作用機理的探索等領域。
特別適用于那些難以使用標記方法的樣本，如臨床樣本。

標記方法通常在定量分析中更精確，而非標記方法在處理大規模樣本或復雜樣本時可能更方便。