ATAC-seq最近幾年是比較火的一種測序技術。那ATAC-seq技術到底什么呢？ATAC-seq的全稱是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 運用測序手段研究轉座酶可接近的染色質的一種技術。該技術通過轉座酶對某種特定時空下開放的核染色質區(qū)域進行切割，進而獲得在該特定時空下基因組中所有活躍轉錄的調控序列。這項技術僅需少量細胞便可獲得實時全基因組活性調控序列信息，廣泛應用于轉錄因子結合分析、核小體定位、活性調控元件分布等研究，在表觀遺傳機制研究領域有廣闊的應用前景。

那么對ATAC-seq研究到底火爆到什么程度呢？我們通過ATAC-seq技術相關的文章來看看。根據(jù)最新統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)：利用ATAC-seq技術發(fā)表的文章的數(shù)量呈現(xiàn)出指數(shù)性增長；其中Cell以及旗下雜志302篇、Nature以及旗下雜志215篇、Science及其旗下雜志82篇。可想而知，ATAC-seq技術到底有多火。在這一大的研究背景下，我們云序生物作為一家專業(yè)的測序服務公司，又提供什么樣的ATAC-seq服務呢？

ATAC-seq相關文章發(fā)表數(shù)量

 

云序生物 - ATAC-seq一站式服務

1. 一站式服務流程

2.技術優(yōu)勢

快速：實驗流程精簡，耗時短

微量：細胞量少，適用于臨床樣本

準確：重復性好，與同類技術及同類測序平臺一致性高

全面：獲取信息量大（全基因組調控活性圖譜、全轉錄因子結合圖譜）

3. ATAC-seq信息分析

標準分析：Peak檢測、Peak長度檢測、Peak深度分布、Peak相關基因、樣本間差異peak檢測、樣品間差異peak相關基因、樣品間差異peak相關基因的GO和KEGG富集分析

高級信息分析：核小體定位分析、轉錄因子結合分析（需客戶提供感興趣的TF名稱）、全基因組活性圖譜

聯(lián)合分析：ATAC-Seq與RNA-Seq關聯(lián)分析、ATAC-Seq與ChIP-Seq關聯(lián)分析

云序生物-ATAC-seq相關文章思路總結

1. ATAC-Seq與RNA-Seq關聯(lián)分析

ATAC-seq結果，研究了該時空條件下發(fā)生轉錄的基因以及順勢調控元件的一些序列，那么我們就可以對這些基因進行分析。聯(lián)合RNA-seq結果，看ATAC上測到的一些豐度高的DNA序列區(qū)域，是否對應的轉錄本表達量也有增加，也可以找到對應的轉錄本相關基因的上游調控序列，從而整體分析從DNA到RNA的轉錄過程，進而對基因功能分析，再結合實驗表型進行討論，從而理清楚表觀調控-表達-功能-表型這樣一個過程。

案例解析：

EGRINs (EnvironmentalGene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments OPEN.The Plant Cell,IF：8.228 

本篇文章是利用ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析的經典案例。作者選擇5個不同的水稻品種，對它們分別進行熱處理和干旱處理以模擬高溫和缺水這2種脅迫環(huán)境。進一步通過對這種脅迫處理的5個水稻品種進行RNA-seq檢測RNA的表達差異和ATAC-seq檢測染色質開放區(qū)域差異。最后聯(lián)合ATAC-seq數(shù)據(jù)和RNA-seq數(shù)據(jù)，以及轉錄因子的motif信息。構建植物應激的轉錄因子-靶基因的調控網絡圖，并尋找關鍵的轉錄因子-靶基因模塊，預測了關鍵轉錄因子活性。完成植物在應**況下反應相關的轉錄因子的研究。

ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析

2.ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析

在ChIP實驗中，好多時候我們是用以研究轉錄因子所調控的那些基因。那么ATAC測序之后是否就不需要做ChIP實驗了呢？其實并不是，就像做轉錄組測序，可以知道基因表達量的上下調情況，但是我們仍然需要通過qPCR來進行分子生物學驗證一樣。ATAC測序之后也需要做ChIP-seq來做進一步的驗證，通過ChIP的測序結果，來進一步對ATAC所預測到的一些轉錄因子結合區(qū)域進行驗證。

案例解析：

Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin  Accessibility.Cell，IF:31.398

該文章是通過比較原發(fā)性和肝轉移性的小細胞肺癌細胞之間的差異，從而研究人小細胞肺癌促進癌癥擴散轉移的背景機制。首先利用ATAC-seq，發(fā)現(xiàn)NFI家族轉錄因子富集在具有差異的染色質開放位點中，預示著NFI家族轉錄因子在調控腫瘤細胞轉移中扮演著重要角色。進一步進行ChIP-seq，通過2種測序結果聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)在染色質高開放性位點區(qū)域伴隨著Nfib拷貝數(shù)量增多，且Nfib在侵襲性原發(fā)性腫瘤和轉移性腫瘤內高表達，Nfib表現(xiàn)出維持染色質及遠端調控區(qū)域開放和促進神經基因表達的功能，說明Nfib對促進癌細胞增殖和遷移具有重要的作用。

ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析

云序生物相關推薦.

ChIP測序

全轉錄組測序

環(huán)狀RNA測序

lncRNA測序

mRNA測序

miRNA測序

往期精彩回顧

大牛告訴你lncRNA甲基化如何研究

云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究匯總—非編碼RNA篇

云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究匯總—病毒篇

最新云序生物m6A“RNA甲基化”研究匯總-癌癥篇

國內首篇10分以上m6A RNA 甲基化測序文章---云序生物助力！

云序生物獨家首發(fā)m5C RNA甲基化測序

2018國自然研究熱點二：RNA甲基化研究深度剖析20分文章中的RNA甲基化，熱度與實力并存

Genome research:不同RNA m5C甲基化修飾存在巨大差異

Plant Cell:擬南芥發(fā)現(xiàn)全新m6A RNA去甲基化修飾酶

Molecular cell:m1A RNA甲基化測序新方法--m1A-MAP

Hepatology: m6A RNA甲基化酶METTL3促肝癌發(fā)展新玄機

Nature重磅：m6A RNA甲基化參與造血干細胞發(fā)育關鍵環(huán)節(jié)

Cancer cell:何川教授再發(fā)現(xiàn)m6A RNA甲基化重要功能

Genome Biology:利用測序數(shù)據(jù)發(fā)表RNA甲基化10分文章

RNA甲基化寶典（二）m6A甲基化與MeRIP測序

m5C RNA甲基化研究方法

上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址：上海市松江區(qū)莘磚公路518號20號樓3樓
電話：021-64878766
傳真：021-64878766
網址：www.cloud-seq.com.cn
郵箱：market@cloud-seq.com.cn