我們在選擇熒光顯微鏡(Fluorescence Microscope)的光源時，要注意的是弧光的尺寸，就是光源發光區的大小，例如50W的汞燈，它的弧光尺寸為110X0.13MM, 200W的弧光尺寸為212X0.15MM，而100W的弧光尺寸為0.125×0.125m，能否正好充滿系統的入瞳使光能充分的利用, 對一個優良的熒光顯微鏡(Fluorescence Microscope), 以及各種倍率的物鏡“光能”皆可充分有效的利用是一個值得關注的指標。在熒光顯微鏡設計中, 光源的選擇在總體設計中是至關重要的, 它決定了儀器的使用范圍和成本, 也反映了儀器的檔次。實驗室以上的顯微鏡應以汞燈為主光源, 簡易型(專用) 的顯微鏡則常用以鹵素燈作為主光源。

其次我們還要考慮的問題就是它的功率, 是采用大功率的燈泡，還是選擇低瓦數的燈泡呢? 原則上講應盡可能選用低瓦數的光源, 無疑這對結構設計和成本是有利的。但過低的瓦數在激發時不能激發出熒光或者發出的熒光不穩定, 就不能使用了。但是能否激發出熒光又與整個成像系統的光能利用有關系, 如何能充分合理有效地利用光能, 瓦數是可以降下來, 但是如果我們單純地追求大功率光源作為熒光檢測并不可取, 因為它會引發熒光的衰減和猝滅。當前供應的落射熒光顯微鏡僅配備100W 的汞燈或氙燈和鹵素燈。