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高分辨熔解曲線突變檢測

瀏覽次數(shù):3291 發(fā)布日期:2010-10-13  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
 
高分辨熔解曲線(High Resolution Melting)技術(shù)是近年來興起的一種全新的突變掃描和基因分型的遺傳分析方法。HRM不受突變堿基位點(diǎn)與類型局限,無需序列特異性探針,在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨熔解,即可完成對樣品的分析。該方法與其他遺傳分型技術(shù)相比具有靈敏度高、特異性好、成本低廉、高通量檢測的優(yōu)點(diǎn),是進(jìn)行突變檢測的迅速、廉價而有效的方法。
HRM原理
HRM是在PCR基礎(chǔ)上通過測定DNA雙鏈熔解曲線變化來檢測突變的方法,溶解曲線的變化取決于DNA序列、長度、GC含量,因此,可以通過飽和燃料監(jiān)控熔解曲線的變化來反映核酸性質(zhì)的差異,從而對樣品進(jìn)行分析。
在雙鏈體的溶解曲線檢測時需要添加合適的染料,飽和染料例如SYBR Green在雙鏈解鏈過程中會發(fā)生重排,無法真實(shí)反映DNA熔解情況。不適用于需低溫解鏈的樣品而且不能檢測異源雙鏈體。因此不能用于熔解曲線的檢測。而LC Green是一種與DNA有更強(qiáng)的結(jié)合位點(diǎn),對PCR抑制作用很小的飽和染料,已成功的用于HRM檢測中。
HRM操作簡便,在PCR結(jié)束后添加合適的染料,通過監(jiān)測升溫過程中熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況來實(shí)現(xiàn)的,在升溫過程中,雙鏈解開,熒光染料從解鏈的分子上釋放,同時熒光強(qiáng)度降低,所以通過熒光強(qiáng)度和曲線的變化上就可以判斷是否存在突變。
 
圖一:同源雙鏈體和異源雙鏈體的熔解曲線
 
圖二:HRM數(shù)據(jù)處理過程
 
HRM的特點(diǎn)和應(yīng)用
HRM應(yīng)用:
  • 檢測人類疾病相關(guān)基因中常染色體的顯隱性和X-連鎖
  • 鑒定人類腫瘤的體細(xì)胞突變,腫瘤樣品中篩選體細(xì)胞突變
  • 基因突變掃描:單堿基的改變、插入或缺失
  • 特定突變、多態(tài)性位點(diǎn)的篩選
  • 外顯子和短擴(kuò)增子基因型掃描
HRM特點(diǎn):
  • 靈敏度高:雜合子突變體的檢測的靈敏度可以達(dá)到100%,原則上數(shù)據(jù)分析時溫度升高后純合子或半合子的突變時檢測不到的,但實(shí)際上,許多純合子突變是可以檢測到的。如基因突變正好與x連鎖,可以在PCR之前加入已知野生型樣本來檢測半合子或純合子的突變。
  • 特異性好:HRM的特異性可以達(dá)到90-100%。短的擴(kuò)增子特異性要更高
  • 不受堿基位點(diǎn)局限,適用范圍廣
  • 在封閉的試管內(nèi)進(jìn)行,可降低污染操作簡單、
  • 成本低廉、時間少、誤差小、高通量檢測
  • 檢測的樣品范圍廣:HRM檢測片段范圍在38-1000bp不同來源的樣品都可以用于HRM如血粉、口腔細(xì)胞、冷凍的腫瘤樣品、也可用于酒精固定、福爾馬林固定或石蠟包埋的組織等,在人類遺傳性疾病的研究中,通常用周邊血液淋巴細(xì)胞中提取DNA,用于HRM分析。
 
HRM:實(shí)驗(yàn)設(shè)計中需要考慮的問題
  • 高效的擴(kuò)增方案的設(shè)計對于HRM的成功至關(guān)重要。最大的靈敏度和特異性有助于最佳的PCR結(jié)果的產(chǎn)生,同時擴(kuò)增子的溶解特性對于結(jié)果也非常重要。這取決于引物的設(shè)計和引物的位置。
  • 在實(shí)驗(yàn)結(jié)果中有時會出現(xiàn)假陽性,這時可以通過調(diào)整引物或者擴(kuò)增參數(shù)避免出現(xiàn)假陰性的結(jié)果。
  • 樣品的質(zhì)量對特異性有一定的影響,因此,進(jìn)行HRM分析時要選用高質(zhì)量的樣品。
 
總結(jié)
HRM靈敏度高、特異性好
該方法是在封閉的試管內(nèi)進(jìn)行,可降低污染,因此,該技術(shù)具有操作簡單、成本低廉、時間少、誤差小、高通量檢測的優(yōu)點(diǎn)。是進(jìn)行突變掃描的首選方法。
 
 
發(fā)布者:北京思博全科技有限公司
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