【Molecular Ecology】Reconstructing the colonization history of Indo-Pacific bottlenose dolphins (Tursiops aduncus) in Northwestern Australia
重建澳大利亞西北部地區(qū)印太瓶鼻海豚的種群歷史

 

瓶鼻海豚（Tursiops spp.）又稱(chēng)寬吻海豚， 其T.truncatus 亞種多棲息在澳大利亞較深水域中，而T.aduncus亞種即印太瓶鼻海豚分布于較淺的沿海地帶。人們對(duì)印太瓶鼻海豚在西澳大利亞海岸線(xiàn)的種群歷史知之甚少，便猜想是源自澳大利亞北部的海岸線(xiàn)擴(kuò)張。為了考證這一猜想，研究者使用ddRAD-seq（double-digest restriction-site-associated DNA sequencing）方法生成了一個(gè)基因組SNP數(shù)據(jù)集。由此產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集，包括112個(gè)個(gè)體的103201個(gè)等位基因SNPs，這些個(gè)體均來(lái)自西澳大利亞鯊魚(yú)灣和小天鵝灣之間的11個(gè)沿海和2個(gè)近海地點(diǎn)。通過(guò)種群基因組分析顯示，與預(yù)期一致，即沿海岸線(xiàn)有明顯的距離隔離，且海岸線(xiàn)的基因組多樣性指標(biāo)也有所減少，其中鯊魚(yú)灣的減少最為明顯。同時(shí)種群數(shù)量統(tǒng)計(jì)分析表明，印太瓶鼻海豚沿著海岸線(xiàn)的擴(kuò)張始于最后一次冰川盛期前后，并向南發(fā)展，導(dǎo)致鯊魚(yú)灣的種群數(shù)量稀少。我們的研究結(jié)果與全球瓶鼻海豚的海岸種群歷史一致，且強(qiáng)調(diào)隨著與冰川周期相關(guān)的全球海平面和溫度變化，棲息地逐漸被釋放，海豚能夠迅速占領(lǐng)新的海岸生態(tài)位。

期刊：Molecular Ecology
發(fā)表年份：2023年
樣本：印太瓶鼻海豚（Tursiops aduncus）
測(cè)序部分：片段篩選：Origins高分辨率潛水電泳儀+Spreadex EL600 gel
測(cè)序類(lèi)型：ddRAD-seq（double-digest restriction-site-associated DNA sequencing）
測(cè)序儀器：Illumina HiSeq2500（SE150）

 

 

在該文中，研究人員從澳大利亞西北部海岸線(xiàn)的兩個(gè)近海和11個(gè)沿海采樣點(diǎn)采集了112個(gè)瓶鼻海豚個(gè)體的SNP數(shù)據(jù)。另外調(diào)查了沿海岸線(xiàn)現(xiàn)存的瓶鼻海豚種群的遺傳結(jié)構(gòu)和種群歷史，評(píng)估了種群之間的遺傳連通性，并闡述了快速且連續(xù)的植根沿海事件向南推進(jìn)的可能情景。澳大利亞西北部的海岸線(xiàn)跨越了亞熱帶和熱帶水域的鹽度、生產(chǎn)力、棲息地復(fù)雜性和海面溫度的自然梯度，具有獨(dú)特的天然環(huán)境。同時(shí)發(fā)現(xiàn)沿海岸線(xiàn)的主要遺傳集群似乎與不同的中尺度生物區(qū)域相關(guān)。因此，澳大利亞西北部的海岸線(xiàn)為這些種群的基因組變異功能研究提供了一個(gè)理想的“天然實(shí)驗(yàn)室”。未來(lái)的研究應(yīng)努力通過(guò)應(yīng)用海景基因組學(xué)方法明確地將海岸線(xiàn)上的基因組變異與環(huán)境變量聯(lián)系起來(lái)，這有助于研究人員對(duì)澳大利亞瓶鼻海豚的地方適應(yīng)程度及其功能意義的認(rèn)識(shí)。

原文：
Wittwer, Samuel, et al. "Reconstructing the colonization history of Indo‐Pacific bottlenose dolphins (Tursiops aduncus) in Northwestern Australia." Molecular Ecology (2023).

 

Origins高分辨率潛水電泳來(lái)自瑞士Elchrom Scientific公司，集成了整體的溫度控制系統(tǒng)，即通過(guò)半導(dǎo)體元件和自動(dòng)溫度控制系統(tǒng)，精準(zhǔn)控制電泳過(guò)程中的溫度。同時(shí)整合循環(huán)泵系統(tǒng)，確保整個(gè)電泳區(qū)域溫度和pH值恒定，形成均勻的、線(xiàn)性電場(chǎng)，這使得該設(shè)備具有高分辨率和高重復(fù)性，可廣泛用于植物、微生物物種的分群和鑒定，以及疾病相關(guān)基因的研究等。

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