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PCR Efficiency在線分析工具在預測PCR擴增效率的使用

瀏覽次數:3001 發布日期:2021-7-30  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

目前已開發多種工具可以進行PCR引物的設計,但大多數工具只考慮避免發夾結構形成、3'末端核苷酸的選擇、引物解鏈溫度等問題,并沒有考慮內在擴增子的特征以及沒有預測給定擴增子和引物對的PCR擴增效率。
 

Izaskun Mallona等人[1]使用了一種基于90個引物對組合的統計方法,擴增來自細菌、酵母、植物和人類的模板,擴增子大小在74到907bp 之間,以確定影響PCR效率的參數。最終開發了一個擬合數據的廣義加法模型,并構建了PCR Efficiency在線分析工具(http://130.60.24.89/efficiency.html),允許從給定序列開始獲得針對PCR 優化的寡核苷酸,并可以預測出擴增效率。
 


 

有個這款小工具,還怕做不好PCR實驗嗎?現在快快試用我們的數字PCR系統和實時熒光定量PCR系統,你們就知道預測工具好不好用了。
 

naica®微滴芯片數字PCR系統
 

naica®微滴芯片數字PCR系統,以Sapphire芯片(全自動)或Opal(高通量)芯片為耗材,形成由25,000-30,000個微滴組成的單層二維陣列,該單層微滴陣列形成后直接進行PCR擴增實驗。反應完成后對微滴進行三通道成像,從而對起始核酸濃度進行絕對定量。僅需2.5小時即可獲取結果。

 


Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統
 

Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統來自于美國Azure Biosystems公司,配備高品質溫度模塊,采用光纖和CMOS的檢測系統,高能LED的激發,提供高靈敏和可靠的數據。
 

 

參考文獻:

[1] Izaskun M ,  Julia W ,  Egea-Cortines M . pcrEfficiency: a Web tool for PCR amplification efficiency prediction[J]. BMC Bioinformatics, 2011, 12(1):404.

發布者:艾普拜生物科技(蘇州)有限公司
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