DNA靶向測序panel——7個你不可不知的問答
在之前舉辦的NGS系列講座中，我們邀請專家為您介紹了從樣本制備到數據解讀報告的全面NGS技術應用。講座收到了眾多反饋與咨詢，在此我們總結出最受關注的7大問題，與您分享。
1 QIAGEN的靶向基因擴增試劑盒能用在哪些NGS平臺？
GeneRead DNAseq Targeted Panels V2適用于Illumina®和Ion Torrent®測序儀。靶向富集后，您可依據所用的測序平臺，使用QIAseq 1-Step Amplicon Library Kit（用于Illumina測序儀）或GeneRead DNA Library Core L Kit（用于Ion Torrent測序儀）進行測序文庫制備。
2 采用DNA靶向技術進行液體活檢cfDNA測序時，最小測序深度建議是多少？
對于體細胞突變的位點的鑒定，我們建議測序深度為1500x。
3 PCR富集方法和捕獲富集法二者有何不同？我應該用哪種方法？
芯片或雜交捕獲法適用于測序靶標較長的情況。PCR富集方法則適用于目標長度在1 Mb左右的靶標富集。因此您需要依據研究需求選擇富集方法。PCR法特異性更高、均一性更好、可重復性更強。
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PCR富集法 |
雜交富集法 | |
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特異性 |
93% |
80% |
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均一性 |
80% |
61% |
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可重復性 |
100% |
95% |
4 QIAGEN的富集方法能夠檢測哪些類型的變異？
您可檢測點突變、插入/缺失突變和拷貝數變化。
5 我可以只為需要研究的位點定制panel嗎？
是的，您可使用GeneRead DNAseq Custom Builder定制您實驗所需的多重PCR靶向富集panel。
6 我從液體活檢樣本中能獲得多少DNA？
從1 ml的血漿中能獲得約1–50ng的游離循環DNA。樣本類型（如腫瘤樣本或非腫瘤樣本）、樣本采集過程、儲存和處理的方法對于產量都會產生影響。
7 擴增子通常會覆蓋基因所有的外顯子區域嗎，還是僅覆蓋需要研究的熱點區域？
兩種情況都可以。多數panel覆蓋靶基因的所有外顯子區域，而human tumor actionable mutation panel僅覆蓋需要研究的相關熱點區域。
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