定量蛋白質(zhì)譜作為蛋白組學(xué)檢測(cè)中非常重要的檢測(cè)手段，主要可以分為無標(biāo)記定量蛋白組學(xué)（label free）、標(biāo)記定量蛋白組學(xué)（TMT/iTRAQ）,而無標(biāo)記定量中根據(jù)質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式的差異也可以分為DDA(數(shù)據(jù)依賴性采集)和DIA（數(shù)據(jù)非依賴性采集）兩種方式，今天我們?cè)敿?xì)了解一下這些技術(shù)的特點(diǎn)和區(qū)別。

圖1 定量蛋白組學(xué)分類

  常規(guī)的非標(biāo)記定量蛋白組學(xué)方式檢測(cè)一般是每個(gè)樣本分別先后上機(jī)檢測(cè)，而質(zhì)譜作為一個(gè)高度精密的儀器，其特點(diǎn)是容易受到外界環(huán)境等因素的干擾，進(jìn)而導(dǎo)致不同批次樣本甚至同一批次先后測(cè)量的樣本之間存在客觀系統(tǒng)性偏差，進(jìn)而影響我們實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。而標(biāo)記定量蛋白組學(xué)的出現(xiàn)，通過對(duì)不同樣本進(jìn)行同位素標(biāo)簽標(biāo)記，進(jìn)而可以混合多個(gè)樣本為一個(gè)樣本進(jìn)行同時(shí)檢測(cè)，避免了檢測(cè)批次、先后的問題，而且通過樣本的混合，減少了樣本上機(jī)數(shù)量，可以通過增加單個(gè)檢測(cè)時(shí)間提高對(duì)于混合后樣本的檢測(cè)深度，最終達(dá)到檢測(cè)平行性更好，檢測(cè)到的蛋白數(shù)量更多的目的。

圖2 標(biāo)記定量流式示意圖

當(dāng)然常規(guī)的label free非標(biāo)記定量方法并非一無是處，其優(yōu)勢(shì)為無需標(biāo)記（減少對(duì)樣本處理）成本較低，沒有樣本數(shù)量限制（標(biāo)記法的同位素標(biāo)簽數(shù)量有限），且樣本損耗較少，需求的起始樣本量較少，對(duì)于一些珍貴的而且蛋白復(fù)雜度相對(duì)較低的樣本比如外泌體等尤其合適，一般同批次內(nèi)的檢測(cè)穩(wěn)定性也是足夠的。

非標(biāo)記定量蛋白組學(xué)中傳統(tǒng)使用的DDA數(shù)據(jù)采集模式，意味著質(zhì)譜檢測(cè)時(shí)一級(jí)質(zhì)譜上只能選擇峰排名較高的前多少名質(zhì)譜峰離子進(jìn)行二級(jí)質(zhì)譜鑒定（定性），導(dǎo)致很多低豐度蛋白的丟失和樣本間平行性變差（每次檢測(cè)有一些概率性存在）；所以目前大樣本量檢測(cè)時(shí)也有使用DIA（數(shù)據(jù)非依賴性采集）方法，該方法通過質(zhì)譜的多個(gè)窗口循環(huán)檢測(cè)不同分子量區(qū)間的所有肽段，這樣避免了一些低含量肽段的丟失，提高了檢測(cè)的穩(wěn)定性。

圖3  DDA采集模式_VS_ DIA數(shù)據(jù)采集模式

DIA數(shù)據(jù)采集模式尤其優(yōu)勢(shì)，然后也有存在一些亟需解決的一些問題，由于其數(shù)據(jù)采集方式，其二級(jí)質(zhì)譜的復(fù)雜度極高，所以早期對(duì)于其DIA質(zhì)譜譜圖的解析存在一定的困難，都是需要專門先通過DDA模式建立一個(gè)譜圖庫(kù)后，在這個(gè)基礎(chǔ)上再通過DIA檢測(cè)數(shù)據(jù)去匹配DDA的譜圖來解譜鑒定，這就導(dǎo)致了成本的上升以及建庫(kù)過程仍舊使用DDA模式的弊端，所以目前越來越多的軟件和算法在進(jìn)行開發(fā)，可以基于機(jī)器學(xué)習(xí)等算法可以實(shí)現(xiàn)直接對(duì)DIA數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，為后續(xù)DIA發(fā)展奠定良好的基礎(chǔ)。

定量蛋白組學(xué)目前技術(shù)多種多樣，一般來說每種技術(shù)存在都有其合理性，根據(jù)自身實(shí)際的樣本情況，實(shí)際實(shí)驗(yàn)?zāi)康鹊倪x擇最適合自己的技術(shù)方法即可，不必盲目的追求高通量和高深度等技術(shù)指標(biāo)，最后總結(jié)了一下各個(gè)技術(shù)的對(duì)比優(yōu)缺點(diǎn)表格如下：

表1 定量蛋白組學(xué)對(duì)比

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