功能特點(diǎn)

PEAKS DB是基于sequence tag的搜庫(kù)算法，保證了鑒定的準(zhǔn)確性和靈敏度。獨(dú)特的“decoy-fusion”為PEAKS DB提供了非常準(zhǔn)確的錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR)評(píng)估方法。這說(shuō)明PEAKS DB是一種更加準(zhǔn)確、更加靈敏的蛋白鑒定搜索引擎。
 

PEAKS DB可以自動(dòng)地對(duì)蛋白鑒定的結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，并在Summary Page中顯示統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。用戶可以在工作流的參數(shù)設(shè)置中通過(guò)指定的FDR輕松地過(guò)濾數(shù)據(jù)庫(kù)搜索結(jié)果。

傳統(tǒng)的搜索引擎的假設(shè)是，數(shù)據(jù)庫(kù)中包括了我們樣品中的蛋白質(zhì)的序列信息，但是，實(shí)際上很多我們關(guān)心的重要蛋白質(zhì)，例如單抗，并不包含在任何常用數(shù)據(jù)庫(kù)中。所以這種搜庫(kù)策略的缺陷在于，搜庫(kù)得到的蛋白最多可以盡可能匹配用于檢索的數(shù)據(jù)庫(kù)，但是當(dāng)數(shù)據(jù)庫(kù)本身不完整的時(shí)候，就會(huì)造成大量的多肽不能被鑒定或者鑒定錯(cuò)誤。
整合了de novo sequencing 的PEAKS DB，能夠提供更為完整的肽段的鑒定，而不依賴于多肽是否存在于數(shù)據(jù)庫(kù)中。
 

Tran NH, Qiao R, Xin L, Chen X, Liu C, Zhang X, Shan B, Ghodsi A, 
Li M. Deep learning enables de novo peptide sequencing from  data-independent-acquisition mass spectrometry. Nature Methods. 16(1), 63-66. 20/12/2018.