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小鼠基礎(chǔ)知識四:如何精準(zhǔn)選擇小鼠品系

瀏覽次數(shù):2668 發(fā)布日期:2022-11-30  來源:杰克森實(shí)驗(yàn)室
我們需要考慮哪些因素來
選擇合適的小鼠品系以實(shí)現(xiàn)研究目的?
 
如何使用已有的數(shù)據(jù)庫來檢索所需小鼠?
 
在小鼠基礎(chǔ)知識系列第四講,Dr.J來給大家講一講解決這兩個(gè)問題的思路。
 
 
1  選擇小鼠品系需要考慮的因素

在選擇小鼠品系時(shí),我們需要將考慮的因素分為兩類:
最主要的一類因素是指與研究直接相關(guān)的要點(diǎn):包括感興趣的基因,突變類型、疾病類型以及需要解決的科學(xué)問題等,這類因素通常可以與研究團(tuán)隊(duì)內(nèi)部深入探討,基于對模型構(gòu)建原理以及研究目的的深入理解做出判斷和選擇。
除了上述因素,實(shí)際上還有很多與小鼠模型相關(guān)的其他因素可能會影響您的研究,如果提前了解這些因素,則可以規(guī)避風(fēng)險(xiǎn)。
這里我們列出一些常見的影響因素以供參考:
▲ 同樣的突變在不同的遺傳背景上,表型可能會有所差異。(也因此,遺傳背景與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中,對照組的選擇有密切的關(guān)系。(點(diǎn)擊查看:☞小鼠基礎(chǔ)知識系列一|如何選擇對照小鼠

以5xFAD阿茲海默癥小鼠為例:

B6.Cg-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (strain#:008730)
B6SJL-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (Strain#:006554)
上述兩個(gè)小鼠品系具有相同的突變轉(zhuǎn)基因,但是遺傳背景不同,strain#:008730 是C57BL/6J遺傳背景,strain#: 006554是C57BL/6 和SJL混合遺傳背景。混合遺傳背景的5xFAD小鼠(Strain#:006554) 的疾病表型較B6遺傳背景的5xFAD小鼠(strain#:008730)嚴(yán)重并且發(fā)病更早。因此要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),做出合理的品系選擇。

▲ 不同亞系的小鼠,盡管名稱相似,表型卻有可能不同。
 
以C57BL為例:

目前C57BL具有多種不同亞型,包括最常見的C57BL/6J (strain#:000664), C57BL/6N (strain#:005304), C57BL/10J (Strain#:00665),而不同亞系之間由于遺傳漂變逐漸固定,在神經(jīng)生物學(xué),代謝,免疫等多方面均呈現(xiàn)表型差異。
▲ 對基礎(chǔ)背景品系的研究有助于理解重組近交系小鼠的特征,進(jìn)而選擇合適的重組近交系小鼠品系進(jìn)行研究。
▲ 對于移植相關(guān)的研究,需要提前了解該種群不同個(gè)體之間組織相容或排斥的情況,以避免影響您的研究。因?yàn)榧词故墙幌担诟叨冉?0代之前,也很難保證100余個(gè)組織相容相關(guān)的基因位點(diǎn)完全純合。
▲ 請?zhí)崆按_保您的設(shè)施滿足所要引進(jìn)品系的飼養(yǎng)和實(shí)驗(yàn)需求
▲ 在選擇和引入一個(gè)全新品系時(shí),需要盡可能地了解品系特征,制定配繁方案,并于飼養(yǎng)人員和供應(yīng)商的技術(shù)部門進(jìn)行溝通,以確保他們能正確繁育您的特定品系
 
 
2  小鼠數(shù)據(jù)資源庫,檢索合適的小鼠品系

在完成研究框架構(gòu)建的思考后,可以根據(jù)感興趣的基因,突變的類型或疾病類型使用以下數(shù)據(jù)庫,對小鼠品系進(jìn)行檢索。以下三個(gè)數(shù)據(jù)庫是最常用的小鼠信息數(shù)據(jù)庫:
 
1、JAX® Mice Database(JAX®小鼠資源庫):www.jax.org/mouse-search(相關(guān)閱讀鏈接:☞只要方法選的好,小鼠模型搜索沒煩惱
 
杰克森實(shí)驗(yàn)室小鼠資源庫目前保有12,500多個(gè)小鼠品系,該數(shù)據(jù)庫為最常用的JAX®小鼠數(shù)據(jù)庫。常見的查找方式有
 
▲ 關(guān)鍵詞搜索:下圖為JAX®小鼠搜索引擎主頁界面,可以通過品系貨號(stock #)、品系名 (strain name)、等位基因名(allele)、基因名(gene)以及其他關(guān)鍵詞(比如小鼠模型常用名:NSG、OT-1)等進(jìn)行搜索。
  
▲ 根據(jù)研究方向進(jìn)行瀏覽:在搜索引擎主頁的下方,分類總結(jié)了多種特色研究領(lǐng)域的相關(guān)模型,您可以點(diǎn)擊進(jìn)入,以快速查看相關(guān)研究方向的小鼠模型。
 
在檢索到感興趣的小鼠品系后,詳情頁面提供各項(xiàng)關(guān)于該品系的信息,包括以下比較常用的內(nèi)容。
▲ Detailed Description:基因或遺傳信息,表型,適應(yīng)領(lǐng)域及特殊注意事項(xiàng)。
▲ Development:小鼠的構(gòu)建過程,引進(jìn)JAX前后的繁育歷史。
▲ Genotyping Protocols:基因型鑒定方法。
▲ Breeding Consideration:記錄了小鼠品系與繁育相關(guān)特征和表型,對于存在繁育表現(xiàn)不佳和對環(huán)境敏感的小鼠品系,這里會列出非常有價(jià)值的繁育建議和注意事項(xiàng)。
▲ Breeding Strategy:提供了該小鼠品系在JAX®維系種群的配繁策略,可作為引進(jìn)繁育對時(shí)的參考。
 
2、Mouse Genome Informatics(MGI):www.informatics.jax.org
如圖所示,該數(shù)據(jù)庫可以從小鼠的遺傳學(xué)、基因組學(xué)、突變表型和生物學(xué)數(shù)據(jù)等信息進(jìn)行檢索尋找合適實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡男∈蟆?br />  
3、Mouse Phenome Database(MPD):phenome.jax.org
全面的表型數(shù)據(jù)收集,尤其是近交系小鼠。可用于小鼠品系比較或者基礎(chǔ)數(shù)據(jù)調(diào)研。
 
 
發(fā)布者:杰克森醫(yī)療科技(上海)有限公司
聯(lián)系電話:400-693-5700
E-mail:marketing@jax.org.cn

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