據美國能源部微生物基因組學計劃的主管Tanja Woyke介紹，研究人員使用幾種方法分離單細胞，它們各有優缺點。

     Quake曾使用微流體方法來分離一種稱為TM7的無法培養微生物1。TM7是桿狀的，于是Quake及其團隊專門捕獲口腔微生物群落中的桿狀細菌。隨后他們通過核糖體RNA來追蹤所要的細胞。在35個分離的桿狀細菌中，4個都證明是TM7，他們對其中一個進行測序。

Woyke認為，微流體方法有兩個主要優勢。第一，用戶能夠觀察他們正在分離的細胞，這讓他們能夠選擇特定的形態或表型，并將此信息與基因型相關聯。第二是擴增效率。單拷貝的細菌基因組顯然不夠用來測序，因此需要全基因組擴增。但并非所有片段都能同等擴增，一些可能會丟失。“一些研究表明，如果反應體積越小，那么單細胞基因組的回收就越好，覆蓋也更加均一，”Woyke說。

     盡管如此，微流體策略通常是低通量的，且只有少數實驗室能夠接觸到這種設備。一個商業化的選擇是Fluidigm的C1™單細胞自動制備系統，這個微流體系統能夠自動化分離和制備96個單細胞的測序文庫。不過，它只適用于哺乳動物細胞，目前不支持細菌分離。

    另一種單細胞分離方法是顯微操作，其中研究人員使用操縱桿驅動的玻璃毛細管來挑選單個細胞，并依次轉移到目的容器中。

     Woyke表示，她偶爾會使用這種方法，主要是在處理低復雜度的樣品時，在2010年發表的一篇文章中，她和她的同事對一種昆蟲的細菌共生體進行測序，根據它獨特的形態將其與另一種共生體分離2。“這就是主要優勢，”Woyke說。“你可以看到細胞。”不過，顯微操作的通量也非常低。若細胞能游動或有粘性，則很棘手。