一．緩沖液的選擇

緩沖液的選擇不僅要考慮目標物的穩定性，還要考慮與微環境結合的實際應用情況，盡量減少非特異性結合。使用無關蛋白質、非離子劑除垢劑和生理鹽濃度有利于降低背景。同時還有一些其他條件，如有些靶標可能需要在緩沖液中添加二價陽離子或其他輔助因子，蛋白質輔助因子可以與靶標共同固定，也可以添加到分選緩沖液中，甚至可以作為捕獲靶標的一種方法。

二．選擇壓的考慮

常見的選擇性壓力考慮因素包括：目標分子的濃度、結合時間和洗滌強度。提高選擇壓力的其他技術包括使用變性劑（如酸、尿素和胍）、有機溶劑、提高溫度或增加洗滌緩沖液中競爭配體或目標物的濃度。第一輪篩選尤為重要，其目的是從構建的文庫中捕獲盡可能多的陽性克隆，同時去除非特異性克隆，篩選時應使用多孔后涂層靶標或大量可溶性靶標，以確保捕獲大量結合噬菌體，從而保持文庫的多樣性。

三．如何減少抗原標簽和載體材料對篩選效率的影響

在篩選過程中，可能會篩選出針對抗原上所有物質的共軛物，如抗原標簽、融合蛋白和載體材料。為了克服這個問題，通常可以使用針對非目標的負篩選來限制針對目標抗原以外的抗體的富集。例如，在使用鏈霉親和素磁珠篩選生物素化蛋白質之前，可將文庫與鏈霉親和素磁珠和生物素化非目標蛋白質預結合，以減少這類不需要的結合物的比例。

四．如何去除復雜的抗原混合物

對于未知或復雜的目標分子，如全細胞或不純蛋白質，可進行嚴格的負向篩選。例如，在事先不了解目標蛋白，但非目標蛋白是已知的情況下對全細胞進行負向篩選。在負向篩選過程中，噬菌體展示文庫首先與非目標抗原對應的重組蛋白孵育。然后將未結合的噬菌體轉移到目標抗原上進行篩選。

五．固相與液化抗原篩選法的選擇

當抗體庫容量大、目標抗體預期拷貝數高或親和力高、抗原來源豐富時，固化抗原篩選法可靠易用，有利于獲得高親和力、高特異性的抗體。當預計目標抗體較難獲得或固化抗原篩選不成功時，可采用生物素化抗原液相篩選法。當篩選的目的是選擇高親和力抗體時，液相篩選法具有明顯的優勢，尤其是解離率篩選更為高效、快速和可重復，是一種較為理想的手段。

六．文庫篩選的方法選擇

在第一種情況下，如果受體的結構特性已知，并且可以方便地獲得受體的線性中和區或多肽片段，那么就可以使用經典篩選策略或高通量篩選。這種策略簡單易行，可以篩選出具有高親和力的抗體，但有可能抗體與天然受體沒有任何結合活性。第二種情況是，如果受體的結構特性已知，但沒有純化的蛋白質，則可采用全細胞優化篩選策略或高通量篩選。第三種情況是受體未知，使用適當的陰性細胞來屏蔽共有抗原，然后篩選靶細胞以獲得特異性抗體。

七．抗原的包被方式

直接包被與間接包被示意圖

八．結合篩選法的使用

在噬菌體抗體庫的篩選過程中，會存在一些非特異性結合，如果一直使用單一篩選方法，這些非特異結合的噬菌體也同樣被解離和擴增，從而被保留下來。采用幾種淘選方法結合使用，如固相和液相結合的輪換淘洗法，可以有效地避免一些非特異性吸附。

九．解離條件的優化

當結合的噬菌體抗體被解離下以后，只顯示中或低親和力，影響特異性抗體的富集和篩選，需要對解離過程進行了優化。如在最后一輪篩選中逐步提高解離液的pH值；用靶蛋白溶液作為解離液來競爭解離噬菌體抗體；交替解離法等。