時間序列激光雷達量化玉米生育期和晝夜節律的表型研究
Plant Phenomics | 作物是否會睡覺？時間序列激光雷達量化玉米生育期和晝夜節律表型
植物生長節律描繪了植物的生物物理和生理行為，受植物內在生物鐘和外源環境共同調控。探索植物生長節律對于了解植物對環境變化的適應策略十分重要。相比于生理節律的研究，指示植物結構節律的研究鮮有報道。近年來，地面激光雷達(TLS)為植物結構動態研究提供了新途徑，發現了如夜間“樹木睡覺”等新的科學現象。這些嘗試發現不同樹種間不一致的節律，證明了樹木睡眠問題的復雜性，也啟發了關于作物是否會有“夜間睡覺”等結構節律問題的思考。
近日，Plant Phenomics在線發表了南京農業大學前沿交叉研究院作物表型組學交叉研究中心金時超課題組題為Exploring Seasonal and Circadian Rhythms in Structural Traits of Field Maize from LiDAR Time Series的研究論文。
該研究旨在量化玉米單株和葉片結構性狀的季節性和晝夜節律，包括正常生長和冷害環境脅迫兩種田間環境。采用國內首套自主研發的高通量激光雷達表型平臺(Crop3D, Fig.1)獲取了玉米四個關鍵生長期的點云數據，用于研究季節性節律。同時，獲取了每2小時頻率的點云數據分析晝夜節律(Fig.1)。具體問題包括：(1)TLS能否量化田間自然狀況下作物結構表型的季節性節律？(2)能否量化正常生長和冷害條件下的作物結構表型的晝夜節律？(3)正常和冷害條件下環境因素與結構表型晝夜節律的潛在關系？
研究結果表明TLS可以量化單株和葉片水平作物結構表型的季節性和的晝夜節律。(1)葉傾角在拔節期到喇叭口期明顯減小，葉方位角在拔節期后保持穩定(Fig.4)。(2)一些單株結構表型的節律（例如，方位角和投影葉面積）與葉片結構表型節律一致（Fig.3和Fig.4）。(3)部分性狀（例如，投影葉面積）的晝夜節律在正常和冷害條件下表現不一致（Fig.6和Fig.8）。(4)環境因素與葉片晝夜節律的相關性在冷害情況下高于正常環境。溫度是最重要的因素，與除葉方位角外的所有葉性狀顯著相關（Table.2和Table.3）。這項研究拓展了時間序列激光雷達在田間作物節律領域的新方向。
Figure 1: Study area and LiDAR data collection.
Figure 3: Seasonal rhythms of plant structural traits, including (a)Hmax, (b)Hmean, (c)H99, (d) crown size, (e) azimuth, (f) PLA, (g) volume, (h) PAI, and (i) 3DPI.
Figure 4: Seasonal rhythms of leaf structural traits, including (a) leaf length, (b) max. leaf width, (c) mean leaf width, (d) leaf height, (e) leaf area, (f) PLL, (g) PLA, (h) leaf inclination, and (i) leaf azimuth.
Figure 6: Circadian rhythms in structural traits of maize at the leaf level under standard conditions, including (a) leaf length, (b) max. leaf width, (c) mean leaf width, (d) leaf height, (e) leaf area, (f) PLL, (g) PLA, (h) leaf inclination, and (i) leaf azimuth.
Figure 8: Circadian rhythms in structural traits of maize at the leaf level under cold stress, including (a) leaf length, (b) maximum leaf width, (c) mean leaf width, (d) leaf height, (e) leaf area, (f) PLL, (g) PLA, (h) leaf inclination, and (i) leaf azimuth, at leaf level under cold stress.
Table2:The relationships denoted by the Pearson correlation coefficient and p value between environmental factors (photosynthetically active radiation (PAR), temperature (T), and relative humidity (RH)) and circadian rhythms in structural traits at the plant level under standard and cold stress conditions.
Table3:The relationship denoted by the Pearson correlation coefficient and p value between environmental factors (photosynthetically active radiation (PAR), temperature (T), and relative humidity (RH)) and circadian rhythm in structural traits at leaf level under standard and cold stress growth.
本研究得到了中科院植物所蘇艷軍研究員、劉玲莉研究員；南京大學張永光教授；密西西比州立大學馬勤教授；南京農業大學丁艷鋒教授；法國農科院Fred Baret教授和北京大學郭慶華教授等共同作者的支持。研究得到了中科院先導專項和江蘇省科技廳創新能力建設項目（植物表型組學研究科學中心）等項目的資助，特此感謝。
作者簡介
金時超，中國科學院大學理學博士（提前1年畢業），同年以高層次人才引進至南京農業大學，組建AiPhenomics課題組。主要研究方向是以激光雷達和葉綠素熒光遙感為核心技術的深度學習植物表型交叉研究。主持江蘇省和國家基金等課題4項；發表論文30篇，包括SCI論文22篇、中文核心8篇。其中，以第一（或通訊）作者在ISPRS J PHOTOGRAMM、IEEE TGRS和中國科學等雜志發表SCI論文9篇（含封面文章和ESI高被引論文1篇）、中文核心論文2篇、發明專利1項。擔任SCI雜志Plant Phenomics副主編、Frontiers in Remote Sensing編委。
AiPhenomics 課題組，研究興趣包括但不限于：
1)激光雷達和日光誘導葉綠素熒光等多源遙感平臺建設
2)深度學習等新技術手段加速數據融合、表型智能提取算法開發和模型耦合
3)面向生物育種和精準栽培的表型-基因-環境交叉研究
歡迎遙感、計算機、測繪、數學、自動化等相關領域同學聯系本課題組碩士、博士，或博士后及以上工作機會。期待相關老師聯系開展與表型組、育種和栽培相關的交叉合作。
論文鏈接
https://spj.sciencemag.org/journals/plantphenomics/2021/9895241/
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https://spj.sciencemag.org/journals/plantphenomics/2021/9892570/
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About Plant Phenomics
《植物表型組學》（Plant Phenomics）是由南京農業大學和美國科學促進會（AAAS）合作創辦的英文學術期刊，于2019年1月正式上線發行，是Science合作出版的第二本期刊。采用開放獲取形式，刊載植物表型組學交叉學科熱點領域具有突破性科研進展的原創性研究論文、綜述、數據集和觀點。具體范圍涵蓋高通量表型分析的最新技術，基于圖像分析和機器學習的表型分析研究，提取表型信息的新算法，作物栽培、植物育種和農業實踐中的表型組學新應用，與植物表型相結合的分子生物學、植物生理學、統計學、作物模型和其他組學研究，表型組學相關的植物生物學等。期刊已被CABI、CNKI、DOAJ、PMC、SCIE、Scopus和EI數據庫收錄。
說明：本文由《植物表型組學》編輯部負責組稿。
中文內容僅供參考，一切內容以英文原版為準。
編輯：張威（實習）
審核：卞越、孔敏
