瓊脂糖凝膠電泳是鑒定核酸、蛋白分子量的常用方法，通過瓊脂糖凝膠電泳實驗分析，可以有效地識別出核酸類型及DNA片段的大小。

實驗前準備：
1、瓊脂糖凝膠：瓊脂糖凝膠的配置濃度需要根據DNA片段長度的大小而定。具體的瓊脂糖凝膠的配置濃度參考范圍如下：

2、緩沖液：核酸的電泳緩沖液主要有有 Tris-硼酸(TBE)、Tris-乙酸(TAE)和Tris-磷酸(TPE) 3種。實驗中多選用TBE緩沖液，如果考慮成本因素的話也可以嘗試使用TAE緩沖液。TPE緩沖液磷酸鹽濃度較高，在進行DNA回收時容易形成沉淀。10XTBE緩沖液可以直接購買，也可以自行配制。
10XTBE緩沖液配制方法如下：
Tris:108克
EDTA: 9.3克
硼酸:55克
加純水到1000ul (PH為8.0～8.2之間) ，使用時用20倍的水稀釋到0.5XTBE即可。

3、指示劑的使用
指示劑：在DNA電泳實驗中常用的指示劑主要為溴二甲苯酚藍和二甲苯青等。堿性環境下的溴二甲苯酚藍呈現紫藍色，在不同濃度的瓊脂糖凝膠中的遷移速率也不相同。比如：在0.6%濃度的凝膠中的遷移率與1KB長度的DNA片段基本一致。而在1%左右濃度的瓊脂糖凝膠中遷移速率與0.6KB長度的雙鏈DNA片段基本一致。
二甲苯青溶于水呈現藍色，同樣在濃度不同的凝膠中二甲苯青的遷移速率也是不相同的，比如在1%瓊脂糖凝膠電泳時，其遷移速率大致與2Kb雙鏈DNA接近。

4、染色劑的使用
染色劑：核酸電泳后，需經染色后才能顯現出帶型，瓊脂糖凝膠實驗較為常用的是EB染色，也就是溴化乙錠染色法。根據實際實驗情況，可在凝膠電泳緩沖液中加入濃度為0.5ug/ml的溴化乙錠，或電泳后將凝膠置入濃度為0.5ug/ml EB溶液中染色10-15分鐘。即可看到條帶。值的注意的是EB濃度如果過高會影響到條帶的清晰度。

5、核酸電泳設備：
核酸電泳設備主要包括電泳儀、電泳槽、梳子等。

6.核酸電泳方法
（1）在用純水清洗過的電泳槽里放置好梳子。
（2）將稀釋好的0.5xTBE緩沖液加入三角瓶中，并加入定量的瓊脂粉，根據實驗要求配置好對應的瓊脂糖凝膠。待冷卻到60°C時即可加入EB。緩慢倒入電泳槽中凝固。
（3）待膠凝固后，箱電泳槽中緩緩加入0.5XBE濃度的TBE，加入量以淹沒膠面2MM為宜。
（4）打開電源，進行電泳操作。
（5）根據電泳條帶進行電泳分析比對。