吃貨們看過(guò)來(lái)~                         

好，看完美食我們接著聊。木薯雖然不錯(cuò)，但是采后很容易變質(zhì)，難以貯存。這在吃貨界顯然是不可以忍受的事！還好，大批科學(xué)家上線，希望找到讓木薯更容易保存的方法。

最近，就有一個(gè)瑞士的研究團(tuán)隊(duì)利在相對(duì)定量蛋白組學(xué)技術(shù)的幫助下找到了緩解木薯變質(zhì)的辦法（VanderschurenH,et al., Plant Cell, 2014）。

文獻(xiàn)來(lái)源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24876255

這個(gè)團(tuán)隊(duì)對(duì)于之前所有人都在研究變質(zhì)相關(guān)基因的狀況，提出了自己的看法：“整天基因基因噠，蛋白也很重要啊！修飾也很重要啊！能不能考慮考慮它們的感受？”于是乎，他們選擇了Label Free對(duì)木薯根的蛋白組做了相對(duì)定量分析。

今天小編就和大家聊聊這個(gè)研究案例。

不同采后時(shí)間的蛋白表達(dá)差異

研究人員首先選取了采收后0、6、12和24 h小時(shí)的木薯根切片樣本，每個(gè)時(shí)間點(diǎn)三次生物學(xué)重復(fù)。他們利用SDS提取了各樣品的總蛋白，每個(gè)樣品分五級(jí)，分別進(jìn)行LC-MS/MS檢測(cè)，每次檢測(cè)兩次技術(shù)重復(fù)。

所有質(zhì)譜檢測(cè)的數(shù)據(jù)在ProgenesisLCMS上合并分析，使用的是cassava 4.1蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)。本研究通過(guò)分級(jí)，木薯根的蛋白組覆蓋程度被大大提高，最終一共鑒定到了2632個(gè)蛋白，并對(duì)其中1199個(gè)蛋白的TP3Q豐度進(jìn)行了排序。在采后生理變質(zhì)過(guò)程中，有293個(gè)蛋白表現(xiàn)出顯著的豐度變化。

差異蛋白的通路分析

在對(duì)293個(gè)差異蛋白進(jìn)行分子功能分類后，研究人員發(fā)現(xiàn)，這些差異蛋白的分子功能多數(shù)與氧化還原活性相關(guān)，由此推斷氧化是木薯采后變質(zhì)的主要原因。在通路分析方面，這個(gè)研究和目前大部分的研究不太一樣。他們使用的通路分析數(shù)據(jù)庫(kù)為AraCyc。通路分析結(jié)果顯示，這些差異蛋白主要參與了抗壞血酸鹽/谷胱甘肽循環(huán)、乙烯生物合成、苯丙素生物合成、脂肪酸α氧化、葉酸轉(zhuǎn)換等多個(gè)生物過(guò)程。

進(jìn)一步鎖定關(guān)鍵酶

通路分析結(jié)果顯示，抗壞血酸鹽/谷胱甘肽循環(huán)是木薯采后變質(zhì)的關(guān)鍵。在木薯根生理性變質(zhì)過(guò)程中，過(guò)氧化物和H2O2含量會(huì)增加，而該循環(huán)正是清除H2O2。研究團(tuán)隊(duì)結(jié)合他人的研究結(jié)果，關(guān)注了該循環(huán)中的各個(gè)關(guān)鍵酶的活性和含量變化，最終他們將研究重點(diǎn)鎖定在GPX（谷胱甘肽過(guò)氧化物酶），一種重要的過(guò)氧化物分解酶，保護(hù)細(xì)胞膜的結(jié)構(gòu)及功能不受過(guò)氧化物的干擾及損害。在木薯采后變質(zhì)的過(guò)程中，GPX在活性和含量上都沒(méi)有太大變化，因此研究人員假設(shè)增加GPX活性也許可以延緩變質(zhì)進(jìn)程。

轉(zhuǎn)基因進(jìn)行驗(yàn)證

為了驗(yàn)證假設(shè)，研究人員構(gòu)建了多個(gè)轉(zhuǎn)基因木薯材料，這些材料可以在木薯根中過(guò)量表達(dá)GPX。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，過(guò)量表達(dá)GPX以后，木薯根的變質(zhì)果真得到了緩解！（研究團(tuán)隊(duì)真·神算！）

在為研究團(tuán)隊(duì)鼓掌的同時(shí)，我們也來(lái)總結(jié)一下（傳說(shuō)中的劃重點(diǎn)啦劃重點(diǎn)啦）：

首先，在你找不到具體目標(biāo)的時(shí)候，蛋白組學(xué)比對(duì)可以給你一個(gè)研究范圍。

其次，Label Free很適合做這種組間差別比較大的樣本蛋白組比對(duì)，而有分級(jí)操作加持的Label Free能夠提高我們獲得的數(shù)據(jù)量。

最后，果然，抗氧化才是延緩衰老變質(zhì)的王道~（這不是化妝品廣告！這不是化妝品廣告！這不是化妝品廣告！重要的事情說(shuō)三遍。）

蛋白|修飾|代謝|脂質(zhì)|結(jié)構(gòu)確證

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