3、目的擴增產物帶。其大小與設計大小相同，條帶清晰。

4、非特異擴增產物帶。其大小與設計大小不相同，條帶清晰。一般考慮通過提高復性溫度來減少或消除（也可用溫度梯度功能來尋找最佳的復性溫度，東勝龍811型PCR儀就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大較多，可以通過減少延伸時間來減少或消除（即不給它足夠的延伸時間）。還有一種非特異擴增產物帶是來自于逆轉錄PCR實驗時的基因組DNA的污染，如果目的擴增產物中有內含子，擴增產物很可能大于目的基因。這種條帶通過優化復性溫度是不能消除的，可以在逆轉錄前用無RNA酶的DNA酶進行樣本處理。

5、模板DNA帶。模板濃度過高時可能出現。如果是基因組DNA為模板，條帶可能會很亂且較大。一般進行PCR擴增時，模板濃度都不要太大，否則會產生一些比目的基因長一點的雜質DNA（可能不成條帶，也看不到），這是由PCR擴增原理造成的。

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