固相合成法對于多肽合成的顯著的優點：簡化并加速了多步驟的合成；因反應在一簡單反應器皿中便可進行，可避免因手工操作和物料重復轉移而產生的損失；固相載體共價相聯的肽鏈處于適宜的物理狀態，可通過快速的抽濾、洗滌未完成中間的純化，避免了液相肽合成中冗長的重結晶或分柱步驟，可避免中間體分離純化時大量的損失；使用過量反應物，迫使個別反應完全，以便最終產物得到高產率；增加溶劑化，減少中間的產物聚焦；固相載體上肽鏈和輕度交聯的聚合鏈緊密相混，彼此產生一種相互的溶劑效應，這對肽自聚集熱力學不利而對反應適宜。固相合成的主要存在問題是固相載體上中間體雜肽無法分離，這樣造成最終產物的純度不如液相合成物，必需通過可靠的分離手段純化。

多肽的不穩定

多肽的不穩定性是其制劑研究中存在的主要問題之一，其原因較多。但對某一個多肽來說引起不穩定的主要原因并不多。詳細研究外界條件（如PH、溫度、光照、氧濃度等）對多肽穩定性的影響有助于設計合理的制劑配方。盡管添加劑穩定多肽的機制還不十分清楚，使用添加劑仍是目前提高多肽制劑穩定性的主要手段之一。應用CD、DSC等分析手段可幫助快速篩選道合適的添加劑。

引起多肽不穩定的原因

1. 脫酰胺反應

在脫酰反應中，Asn/Gln 殘基水解形成Asp/Glu。非酶催化的脫酰胺反應的進行。在Asn-Gly-結構中的酰胺基團更易水解，位于分子表面的酰胺基團也比分子內部的酰胺基團易水解。

2. 氧化

多肽溶液易氧化的主要原因有兩種，一是溶液中有過氧化物的污染，二是多肽的自發氧化。在所有的氨基酸殘基中，Met、Cys和His、Trp、Tyr等最易氧化。氧分壓、溫度和緩沖溶液對氧化也都有影響。

3. 水解

多肽中的肽鍵易水解斷裂。由Asp參與形成的肽鍵比其它肽鍵更易斷裂，尤其是Asp-Pro和Asp-Gly 肽鍵。

4. 形成錯誤的二硫鍵

二硫鍵之間或二硫鍵與巰基之間發生交換可形成錯誤的二硫鍵，導致三級結構改變和活性喪失。

5. 消旋

除Gly外，所有氨基酸殘基的α碳原子都是手性的，易在堿催化下發生消旋反應。其中Asp殘基最易發生消旋反應。

6. β-消除

β-消除是指氨基酸殘基中β碳原子上基團的消除。Cys、Ser、Thr、Phe、Tyr 等殘基都可通過β-消除降解。在堿性PH下易發生β-消除，溫度和金屬離子對其也有影響。

7. 變性、吸附、聚集或沉淀

變性一般都與三級結構以及二級結構的破壞有關。在變性狀態，多肽往往更易發生化學反應，活性難以恢復。在多肽變性過程中，首先形成中間體。通常中間體的溶解度低，易于聚集，形成聚集體，進而形成肉眼可見的沉淀。蛋白質的表面吸附是其貯存、使用過程中遇到的另一個令人頭痛的問題，如riL-2在進行曲灌注時會吸附在管道表面，造成活性損失。

提高多肽合成穩定性的途徑

1. 定點突變

通過基因工程手段替換引起多肽不穩定的殘基或引入能增加多肽穩定性的殘基，可提高多肽的穩定性。

2. 化學修飾

多肽合成的化學修飾方法很多，研究最多的是PEG修飾。PEG是一種水溶性高分子化合物，在體內可降解，無毒。PEG與多肽結合后能提高熱穩定性，抵抗蛋白酶的降解，降低抗原性，延長體內半衰期。選擇合適的修飾方法和控制修飾程度可體質或提高原生物活性。

3. 添加劑

通過加入添加劑，如糖類、多元醇、明膠、氨基酸和某些鹽類，可以提高多肽的穩定性。糖和多元醇在低濃度下迫使更多的水分子圍繞在蛋白質周圍，因而提高了多肽的穩定性。在凍干過程中，上述物質還可以取代水而與多肽形成氫鍵來穩定多肽的天然構象，而且還可以提高凍干制品的玻璃化溫度。此外表面活性劑如SDS、Tween、Pluronic,能防止多肽表面吸附、聚集和沉淀。

4. 凍干

多肽發生的一系列化學反應如脫酰胺、β-消除、水解等都需要水參與，水還可以作為其它反應劑的流動相。另外，水含量降低可使多肽的變性溫度升高。因此，凍干可提高多肽的穩定性。