(1) 著生的緣毛目多時，處理效果良好，出BOD5和濁度低。(如小口鐘蟲、八鐘蟲、溝鐘蟲、褶鐘蟲、瓶累枝蟲、微盤蓋蟲、獨縮蟲)這些緣毛目的種類都固定在絮狀物上，并隨窗之而翻動，其中還夾雜一些爬行的棲纖蟲、游仆蟲、尖毛蟲、卑氣管葉蟲等，這說明優質而成熟的活性污泥。
 
(2) 小口鐘蟲在生活污水和工業廢水處理很好時往往就是優勢菌種。
 
(3) 如果大量鞭毛蟲出現，而著生的緣毛目很少時，表明凈化作用較差。
 
(4) 大量的自由游泳的纖毛蟲出現，指示凈化作用不太好，出水濁度上升。
 
(5) 如出現主要有柄纖毛蟲，如鐘蟲、累枝蟲、蓋蟲、輪蟲、寡毛類時，則水質澄清良好，出水清澈透明，酚類去除率在90%以上。
 
(6) 根足蟲的大量出現，往往是污泥中毒的表現。
 
(7) 如在生活污水處理中，累枝蟲的大量出現，則是污泥膨脹、解絮的征兆。
 
(8) 而在印染廢水中，累枝蟲則作為污泥正常或改善的指示生物。
 
(9) 在石油廢水處理中鐘蟲出現是理想的效果。
 
(10) 過量的輪蟲出現，則是污泥要膨脹的預兆。
 
 另在一些對原生動物不宜生長的污泥中，主要看菌膠團的大小用數量來判斷處理效果。變形蟲（阿米巴）amoeba.  

顧名思義，變形蟲是能變形的。不過這種變形也是有限度的。一些種類的變形蟲能向四外伸出假足，以探查水中的化學成分，決定移動方向。而有些種類根本沒有假足。他們獵食時覆蓋它的獵物，把獵物裹起來，這樣就產生了一個食物泡，食物泡可以消吸收獵物。大多數變形蟲對人體無害,但有幾種變形蟲能產生人類疾病：阿米巴痢疾，主要發生在貧窮國家。變形蟲食性廣,單細胞藻類,細菌,小原生動物，真菌，有機碎片等皆是它們的食物. 變形蟲生命力強,在條件不好時，可以形成一個包囊(休眠)度過難關.