PCR技術專題：菌落PCR
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菌落PCR
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菌落PCR（Colony PCR）可不必提取基因組DNA，不必酶切鑒定，而是直接以菌體熱解后暴露的DNA為模板進行PCR擴增，省時少力。建議使用載體上的通用引物。通常利用此方法進行重組體的篩選或者DNA測序分析。最后的PCR產物大小是載體通用引物之間的插入片斷大小。
實驗方法
- 基本方案
| 實驗方法原理 | 直接挑取菌落進行PCR，PCR的95℃加熱可以破胞，釋放基因組DNA或質粒，成為PCR體系的模板，然后進行鏈式擴增。 |
|---|---|
| 實驗材料 |
基因樣品 |
| 試劑、試劑盒 |
dNTP PCR混合液 |
| 儀器、耗材 |
PCR儀 |
| 實驗步驟 |
1. PCR混合液的制備
（1）Taq buffer（10×） 180 ul （2）dNTP（2.5 mM） 20~25 ul （3）Primer Forward（引物濃度在10 Pmol） 5 ul （4）Primer Reverse（引物濃度在10 Pmol） 5 ul （5）ddH2O 147 ul （6）Taq（2 U/ul） 12~15 ul 2. 常溫下隨機挑選轉化板上的轉化子，用滅菌的牙簽或槍頭挑取單個菌落（強調單個，不能是雙克隆），在LB瓊脂糖平板上輕點，做一拷貝。 3. 然后將沾有菌體的牙簽或槍頭置于相應的裝有PCR管中或者96空pcr反應板（管子做好記號，如平板上點的是1#，則管子上也標1#，以便篩選到克隆后的擴到培養）。 4. 挑好單克隆菌落后將之前配制好的PCR混合液加入體系是30 ul。 5. 將混有菌體的PCR混合物置于PCR儀中，按常規條件擴增。 6. 將擴增出來的反應液中加入溴酚藍或是其他染料，電泳檢測是否得到目的片斷。如有則為陽性克隆。 7. 將已經接種有菌落的平板置37℃培養箱培養過夜，使菌落擴增。 8. 次日挑選陽性克隆做進一步篩選或培養。步驟2也可以不點板，直接接種搖菌，如果早上做PCR的話，下午就可以提質粒，得到重組載體。 |
| 注意事項 |
1. 設計引物很關鍵。一般如果是定向克隆，用載體上的通用引物即可；如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆（如單酶切或平末端連接），一條引物用載體，一條引物用目的基因上的，這樣就可以比較方便的鑒定了，而且錯誤概率很低。PCR條件的選擇接近最佳，同時挑取的菌體不宜太多，否則會有非特異性擴增。
2. 使用的引物濃度不能太高，濃度過高會導致非特異性擴增，反應的循環數也不能太多，一般不超過25個。同時因為擴增的片段的GC含量問題，有的GC含量很低，有的又很高，導致菌落PCR不容易擴增出目的條帶，在此建議在設置PCR程序時以高GC的溫度為上限，每一循環降0.2度左右。 |
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