建議先用少量肽來試驗最適溶解方法，只有當多肽完全溶解后，才能加入溶液并將之稀釋至最終濃度。即先溶解，后加入緩沖液。注意：總是將多肽加入到適當溶劑中攪拌，而不能采用其它方式。 　
　 　 　
凍干多肽的溶解 　
　 　 　
　多肽溶解中的主要問題是二級結構的形成。
雖然疏水肽鏈二級結構的形成更明顯，但除了最短的肽鏈外，該現象發生在幾乎所有肽鏈，與極性無關。因此，溶解多肽的第一個原則是用無菌的蒸餾水或去離子水（如果條件允許則用無氧水）。
多肽溶液可能遇到細菌降解。為避免該現象的發生，多肽應溶解在無菌的蒸餾水中，或者用0.45或0.2µm孔徑的濾膜過濾除菌。

包含Cys、Met、Trp的多肽特別容易氧化，因此應該溶于無氧的水中。無氧水可以通過注入惰性氣體（氮、氦、氬）減壓除氣得到。

若多肽不溶于純水，超聲處理有助于打碎顆粒并增加溶解度。注意：超聲處理會引起溶液發熱和多肽降解。
若多肽中包含多個堿性氨基酸，使用1~10%的乙酸水溶液；對于疏水性非常強的多肽，則使用50%乙酸。
若多肽中含有大量酸性氨基酸，可用1~10%氨溶液或乙酸乙基嗎啡或重碳酸鹽等揮發性的堿性緩沖液溶解。pH值在層析前必須調整。

異丙醇和乙腈能溶解中等大小的肽。若肽要上柱，有機溶劑的量則必須很少，否則將嚴重影響滯留時間。
若多肽因為含有Val、Leu、Met、Phe、Tyr、Ala等芳烴側鏈而高度疏水，或為中性肽時，DMF或DMSO等膜變性劑的使用，有助于多肽的溶解。

a. 高濃度膜變性劑通過破壞多肽的二級結構而助溶。
b. 膜變性劑適于多肽分析液的制備，但可能會對其生物活性的研究工作造成干擾。
c. DMF是最佳變性劑（最高濃度可達30%），滴加至多肽溶解。
d. 反相層析時，DMF將與洗脫液前峰一起流出，依進樣量的多少，峰值可能很高。大多數肽能在大量DMF流出后幾分鐘內流出，若肽鏈很小，洗脫太早，多肽的量將降低。 　
　 　 　
凍干多肽的保存 　
　 　 　
　 所有標明“保持凍干”的產物，都必須保存在冰凍條件下，最好-20℃，若保存在-10℃以下，大多數肽可維持幾年的活性。
當使用冰凍產品時，開蓋之前，瓶或試管應在裝有新鮮干燥劑的干燥箱內升至室溫。對于保存于-20℃的產品，這個過程需要一小時或更長，隨包裝大小而異。否則，當瓶打開時，水氣進入導致多肽凝縮而降低其穩定性。一旦打開，應迅速稱量完畢，并立即密閉以免潮解，尤其親水肽更應注意。 　
　 　 　
多肽溶液的保存 　
　 　 　
　 多肽溶液比干粉的穩定性差很多，為了得到最好結果，遵循下列原則：
反復凍融有損于肽的活性，所以建議分裝成小包裝保存。需要多少解凍多少，用后棄掉剩余物。
溶于pH5~7無菌的緩沖液中，貯存于-20℃。
包含Cys、Met、Try、Glu、Asp的多肽易于氧化，因此須保存在無氧化劑的環境中。
由于細菌能降解多肽，因此貯存前必須過濾除菌。