原位測序技術(shù)(In Situ Sequencing,ISS)依賴于鎖式探針和滾環(huán)擴(kuò)增技術(shù)，它是以缺口靶向(Gap-targeted Sequencing)或條形碼靶向(Barcode-targeted Sequencing)為測序策略，同時(shí)引入邊連接邊測序的化學(xué)原理（Sequencing-by-ligation Chemistry)，以滾環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物為測序媒介進(jìn)而在組織或細(xì)胞原位對(duì)RNA實(shí)現(xiàn)短片段測序的技術(shù)。通過4輪連續(xù)測序成像一次性最多可以檢測出256種靶標(biāo)mRNA分子。

技術(shù)流程

(1)定制探針：針對(duì)用戶提供的基因的非保守區(qū)設(shè)計(jì)探針并合成

(2)樣本前處理：將冰凍切片退凍、固定、脫水和透化，以便探針和反應(yīng)所需的酶等成分進(jìn)入組織細(xì)胞內(nèi)部

(3)探針雜交與滾環(huán)擴(kuò)增：探針與RNA雜交，之后連接成環(huán)；通過滾環(huán)擴(kuò)增反應(yīng)放大編碼信號(hào)

(4)原位成像：利用邊合成邊測序的化學(xué)原理，通過采集熒光信號(hào)得到對(duì)應(yīng)位置的編碼堿基；經(jīng)過序列解碼，可識(shí)別出該位置靶向結(jié)合的基因

(5)圖像分析：獲得每個(gè)靶基因在組織中的空間表達(dá)位置，用不同符號(hào)(或顏色)標(biāo)記在同一張組織圖像中；通過細(xì)胞邊界識(shí)別等方法得到單細(xì)胞水平的基因表達(dá)定量數(shù)據(jù)，可進(jìn)行高級(jí)分析

產(chǎn)品優(yōu)勢

創(chuàng)新技術(shù)：無需反轉(zhuǎn)錄成cDNA，探針特異性結(jié)合mRNA，大大提高基因檢出效率

高靈敏度：每個(gè)基因設(shè)計(jì)3~5對(duì)雙連接探針，低豐度表達(dá)基因依舊高效檢出

廣泛適應(yīng)：適用于冷凍OCT包埋及石蠟包埋組織樣本或者切片，細(xì)胞爬片樣本等

個(gè)性定制：用戶自定義基因panel設(shè)計(jì)，支持最多256個(gè)基因

高分辨率：最高120nm分辨率，亞細(xì)胞水平定位RNA

應(yīng)用多樣：器官發(fā)育、神經(jīng)科學(xué)、腫瘤免疫、病原感染、藥物開發(fā)等領(lǐng)域

德運(yùn)康瑞是一家單細(xì)胞與空間多組學(xué)技術(shù)平臺(tái)型企業(yè)，致力于推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)療向單細(xì)胞與空間組學(xué)時(shí)代邁進(jìn)。公司可為用戶提供從樣本解離、細(xì)胞捕獲、文庫構(gòu)建、測序分析、數(shù)據(jù)挖掘的一站式全流程單細(xì)胞與空間多組學(xué)綜合解決方案，目前已與40余家知名高校及醫(yī)院客戶建立業(yè)務(wù)合作。