標記定量和非標記定量是蛋白質組學中的兩種主要的定量策略，用于比較不同樣本或處理條件下的蛋白質豐度。

以下是它們之間的主要區別：

1、標記定量：

在樣品前處理階段，使用某種標記技術對蛋白質或蛋白質酶解肽段進行化學標記，這些標記通常具有不同的質量。經過混合后，通過質譜儀分析，可以基于這些質量差異來定量不同樣本中的蛋白。

圖1. 使用10plex TMT進行相對定量的流程（Zhang et al.,2017）

2、非標記定量：

不使用任何化學標記，而是通過多次重復實驗，對同一蛋白在不同樣本中的信號強度（如肽段的峰面積或峰高）進行比較來實現定量。

圖2. Label Free定量蛋白組學的流程

標記定量方法在樣品前處理階段使用某種標記技術對蛋白質或蛋白質酶解肽段進行化學標記，如ICAT、iTRAQ或TMT。這些標記通常具有不同的質量，使得經過混合后的樣品可以通過質譜儀的質量差異來進行定量。這種方法的優勢是可以在質譜分析之前混合樣本，從而減少由于實驗操作或機器分析帶來的變異，但缺點是需要額外的步驟進行標記，可能增加實驗成本和復雜性。

另一方面，非標記定量方法不使用任何化學標記，而是通過比較同一蛋白在不同樣本中的信號強度，如肽段的峰面積或峰高，來實現定量。這種方法在操作上更為簡單，不需要額外的標記步驟，從而降低了成本。但為了確保實驗間的可比性，它需要更嚴格的樣品處理和質譜分析條件。