SWATH (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra) 和 DIA (Data-Independent Acquisition) 是兩種質譜技術，主要用于蛋白質組學研究。它們都是數據獨立采集的策略，與傳統的數據依賴采集（DDA, Data-Dependent Acquisition）方式不同。

一、SWATH (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra):

SWATH是SCIEX公司為其TripleTOF系列質譜儀開發的DIA技術的一個商標名稱。
在SWATH模式下，預設的質荷比窗口會依次掃描整個質譜范圍，捕獲所有離子的碎片信息。
通過這種方法，實驗可以多次復現，因為所有潛在的肽段信息都被記錄下來。

二、DIA (Data-Independent Acquisition):

DIA是一個通用術語，描述的是一種不依賴于實時離子豐度決策的質譜采集策略。
在DIA模式下，質譜儀會在預設的質荷比窗口范圍內系統地捕獲所有的碎片離子，而不是基于其豐度選擇特定的前體離子進行碎裂。
SWATH只是DIA策略的一個實例。

三、應用與優勢：

DIA和SWATH提供了更全面的樣品覆蓋率，因為它們不依賴于前體離子的豐度進行碎裂決策。
它們特別適用于定量蛋白質組學研究，因為捕獲的數據可以在不同的實驗之間進行比較。
與DDA相比，它們提供了更高的復現性。

圖1. 數據獨立采集定量蛋白組分析