AOAH作為一種水解內毒素的脂肪酶，能夠選擇性地水解脂質A酰氧酰基基團上的次級酰基鏈。在水解內毒素時，AOAH的大、小亞基均起著重要作用，二者缺一不可。大亞基具有內毒素水解位點，同許多脂肪酶一樣，其活性位點具有特征性的Gly-X-Ser-x-Gly 共同氨基酸序列，其中的絲氨酸在維持酶的活性方面起著關鍵性作用，當該絲氫酸被去除后AOAH水解內毒素的活性下降了99%以上。雖然大亞基在AOAH水解內毒素時起著主要作用，但僅有大亞基面沒有小亞基，AOAH水解內毒素的活性也會大大下降。小變基的作用主要表現在以下幾個方面：①AOAH前體中的小亞基區，能夠促進AOAH前體進入溶酶體并被水解：②有助于維持AOAH的結構穩定性：③能夠增強AOAH對內毒素的識別；④增加脂質A的溶解性，從而有利于大亞基與脂質A之間發生相互作用。

在組織器官發生炎癥時，AOAH可以在局部浸潤的單個核細胞（包括單核細胞、巨噬細胞、淋巴細胞等）及多形核白細胞中表達，但單個核細胞的內毒素去酰基化活性明顯高于多形核白細胞。單個核細胞內的AOAH去酰基化作用迅速而廣泛，該作用是CD14依賴性的LBP與內毒素結合后，將內毒素轉運給單個核細胞的CD14：而BPI、脂蛋白等則能抑制LBP向單個核細胞轉運內毒素。AOAH也可以釋放至胞外炎性滲液中，并且能夠降解沒有被單個核細胞等攝取的內毒素，該過程是CD14非依賴性的。由于滲出液中的AOAH水解內毒素的活性僅為胞內AOAH的1/10~1/20，因此，該過程速度較為緩慢。

除了能夠直接滅活內毒素外，AOAH水解內毒素后形成的去酰基化內毒素，也參與了AOAH對內毒素的解毒機制，該物質能夠在細胞外積聚并抑制內毒素誘導的炎癥反應。但由于局部浸潤的白細胞產生，分泌的AOAH 數量有限，因而AOAH對內毒素的解毒作用也是有限的。