FFPE石蠟樣本多組學一站式解決方案的介紹
FFPE處理是目前長期保存病理樣本的標準化方法，保存了大量的臨床上患病和正常組織的樣本資源，該樣本代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料，據統計世界上大約有數十億份組織樣本保存在醫院或者組織樣本庫中，其中絕大多數是FFPE樣本。但是由于FFPE樣本通常珍貴且保存時間長，存在RNA/DNA量少和高度降解的問題，因此如何獲得FFPE樣本所蘊藏的生物信息，如何利用分子生物學方法對FFPE 樣本進行檢測，進而針對FFPE樣本進行高通量組學分析就變得越來越重要。伯豪生物推出了FFPE樣本多組學一站式解決方案。
1、單細胞轉錄組測序解決方案
伯豪生物FFPE樣本單細胞轉錄組測序解決方案，使用伯豪自主研發的伯優®FFPE樣本細胞核分離試劑盒，分離高質量的細胞核，并基于10X Genomics Single Cell Gene Expression Flex技術進行細胞核捕獲，獲取FFPE樣本中的單細胞轉錄組信息。
產品優勢
· 提升低表達基因檢測靈敏度
Flex運用了探針捕獲原理，大部分的基因設計3組探針對，對部分低表達的基因，設計5組探針對，保障了FFPE樣本中降解RNA的捕獲效率，同時能夠提升低豐度基因檢測的靈敏度。
· 百萬級細胞通量
樣本特異性探針高達16種，單通道最高可實現16種樣本128,000個細胞的同時捕獲，8通道最高可實現百萬級細胞同時運行分析，大大降低實驗成本。
· 降低批次效應
樣本集中處理，實現同批次進行捕獲建庫實驗，降低實驗的批次效應。
質控數據
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樣本 |
細胞數 |
中位基因 |
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Sample1 |
9865 |
1243 |
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Sample2 |
25231 |
1414 |
抽核鏡檢結果
2、空間轉錄組測序解決方案
伯豪生物FFPE樣本空間轉錄組測序解決方案基于Visium CytAssist—空間多組學組織分析物轉移系統，可以直接將 FFPE 組織切片上的探針捕獲的轉錄組信息從普通載玻片轉移到 Visium 建庫芯片上，實現組織切片的空間組學分析。該方案解決了原有手動操作步驟較多帶來的效率低下的問題，簡化樣本管理，高效實現對于FFPE樣本的基因表達檢測，在形態學背景下進行分子信息的抓取。
產品優勢
· 樣本兼容性高
FFPE空間轉錄組實驗不再局限于石蠟塊，預貼片、預H&E染色的組織切片都可以通過Visium CytAssist系統將分析物從載玻片轉移到Visium玻片的捕獲區域。
· 捕獲面積大
Visium CytAssist能夠同時兼容6.5mm*6.5mm和11mm*11mm樣本。
· 質控要求低
Visium CytAssist對樣本的DV200要求僅為30%，允許檢測更多長期保存的高度降解的樣本。
· 基因檢出率高
Visium CytAssist使用10x Genomics全新設計的捕獲探針，除少部分高表達基因外，90%以上基因設計了3個探針對，基因檢出率及特異性更高。
質控數據
3、全轉錄組測序服務
轉錄組是特定物種、組織或細胞在特定生理狀態下轉錄的所有 RNA 的集合，包括 mRNA 和 ncRNA, 其中 lncRNA（long non-coding RNA）是一類長度超過 200nt 的 ncRNA，通過多種方式在表觀遺傳、轉錄及轉錄后水平發揮調控作用。全轉錄組測序在研究 mRNA 的同時，能夠發現大量的 lncRNA，并對其表達水平和轉錄本結構進行分析。當進一步開展 lncRNA 與 mRNA 的關聯分析時，就可以深入研究 lncRNA 的調控網絡。
產品優勢
· 豐富的建庫經驗
對FFPE樣本進行RNA抽提質檢，起始量只要大于50ng，DV200>50%。
· 學術界權威的算法和流程
針對 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析，靈活的定制分析。
· 嚴格的質控管理
ISO9001 認證，Illumina CSPro 認證。
質控數據
取3個不同降解程度的FFPE-RNA樣本(DV200在11%-80%之間)，使用本試劑盒制備文庫，然后進行NGS分析。
不同的FFPE-RNA的品質和起始量，均有較高的轉錄本檢測數(當FPKM>1時，轉錄本數均大于10,000)。
4、Illumina 人甲基化芯片（935K）檢測服務
Illumina EPICv2.0-935K 芯片可檢測人全基因組約 935,000 個 CpG 位點的甲基化狀態，在 850K 的基礎上去除了性能不佳的探針，新增 186,000 個 CpG 靶向增強子和超級增強子、更多 CTCF 結合位點、CNV 檢測區域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅動突變，還增加了經 ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 實驗鑒定的與腫瘤有關的染色質開放區域。此外，基因組版本更新到 hg38 以及 GenCode 數據庫 v41 版本，是更適合用于表觀基因組全關聯分析研究（EWAS）的一款芯片。
產品優勢
· 全面的基因組覆蓋范圍
檢測> 935,000個CpG 位點，全面覆蓋CpG島、啟動子、編碼區及增強子。
· 探針位點的全面優化
在EPICv1.0-850K的基礎上去除了性能不佳的探針，新增186,000個CpG靶向增強子和超級增強子、更多CTCF結合位點、CNV 檢測區域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅動突變。
· 高質量的數據
沿用了450k芯片的 Infinium 技術，同時采用 Infinium I 及 II 探針設計，使檢測范圍最大化。
· 分辨率高
單堿基分辨率，可以直接檢測到發生甲基化的準確位點。
· 可重復性高
自身技術重復間的相關性以及與 850K 相同探針間的相關性 R2 > 0.99。
· 注釋信息
人基因組版本更新到了 HG38，GenCode 數據庫更新到了 v41 版本。
質控數據
935K甲基化芯片檢測能夠檢測到0.2的beta值差異，假陽性率低于1%，從而實現了較高的分析靈敏度，同時也具有極好的數據可重現性。如下圖（A）935K芯片技術重復相關性R2>0.99（B）935K芯片和850K的交集探針間的相關性R2>0.99。（C）935K芯片數據與甲基化測序（100×測序深度）的相關性R2>96%。
全外顯子組測序服務
全外顯子組測序是指利用探針雜交序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕獲并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。全外顯子組測序的成本相對于全基因組測序更低，在SNV、InDel檢測方面具有較大優勢。伯豪生物全外顯子定制Panel使用新型雙鏈RNA探針（120-mer），可廣泛應用于尋找復雜疾病中相關的致病基因研究，以及疾病預防健康管理領域。
產品優勢
1) 伯豪樣本中心具有十年特殊樣本處理經驗，針對 FFPE、特殊腫瘤等樣品有豐富經驗；
2) 具有豐富的遺傳病和腫瘤隊列研究經驗，合作客戶在Blood、Nature發表高分文章；
3) 專業報告解讀系統，對臨床應用支持良好。
質控數據
· 外顯子區域平均測序深度（mean depth in target region）100X以上。
· 在100X覆蓋度的情況下，至少90%的外顯子區域有10個或以上序列覆蓋。
· 平均捕獲率（ontarget ratio）60%以上。
