純度對于研究LPS的物理、化學及生物學特性是至關重要的，因為細菌其他成分的污染可影響LPS的物理特性及生物學活性。LPS制劑中最常見的污染物質是核酸、蛋白質及多聚糖，這類污染物質存在的量取決于LPS的提取和純化方法。

70年代以前提取LPS最常用的方法為Westphal等于1952年介紹的酚水法（phenol water，PW），用這一方法提取的LPS純度較高。污染蛋白質含量僅為1～3%，而在此以前所應用的方法（如三氯醋酸法，超聲波法、正丁醇提取法等）所提取得到的LPS蛋白污染量可超過10%，因而PW方法是一種較為有效的方法。

自1969年Galanos 等介紹苯酚-氯仿-石油醚（phenol-chloro-form-petroleum ether，PCP）法后，LPS的純度又得到了顯著的提高。一方面，經PW法提取得到的S-LPS可以PCP法純化，另一方面，R-LPS由于脂溶性成分的含量較高，因而可直接應用PCP法進行提取與純化。PCP法可去除LPS中常見的污染物質。最終得到的純化LPS不含核酸及多聚糖，蛋白含量亦可控制在1%以下。

LPS中存在的另一類污染物質為無機金屬離子及小分子量多胺成分，它們的存在可影響LPS的物理性狀及生物學活性。應用電透析可將這類成分除去。