制藥車間的有效清潔和消毒的主要目標是控制適合區域等級的微生物和微粒，制藥車間消毒劑的選擇和使用要注意安全、規范、有據可查，同時也要注意免損壞設備表面或傷害操作員。

一、基本清潔和清潔劑的選擇
基本清潔是指從表面去除殘留物和污垢，達到表面清潔的過程。基本清潔會減少微生物數量，但不會達到與消毒劑相同的殺滅水平。需要注意的是要消毒的表面必須先做清潔處理，因為消毒劑會因污漬而發生化學失活，進而形成物理屏障，防止消毒劑到達微生物細胞。在進行清潔劑的選擇時，需要選擇一種適應儀器表面處理的低泡或無泡清潔劑。這類清潔劑一般比較容易沖洗，從而避免了殘留物的形成。如果要在 A 級和 B 級區域使用清潔劑，則需要使用無菌的清潔劑。

二、制藥車間消毒劑的選擇和使用
制藥廠消毒是指使用工業消毒劑去除或破壞微生物并將其減少到可接受水平的過程水平，通常決定消毒劑消毒效果的因素主要有濃度、溫度、時間、污染、應用方式和有機體類型。理想的消毒劑可殺死所有微生物，無腐蝕性、作用迅速、安全且無殘留。它還與其他清潔劑或消毒劑兼容，并有多種形式可供選擇。比如常見的醇類消毒液、復合醇類消毒液、季銨鹽類消毒液、復合季銨鹽消毒液、過氧化氫消毒液等。不同類型消毒劑的消毒消毒效果和適用范圍也是不一樣的。

比如：復方過氧化氫消毒液、復方季銨鹽消毒劑盡可以有效除滅微生物孢子，故也被稱為：除孢子劑）而乙醇消毒液，僅具有表面消毒的作用而無法殺滅孢子。

三、消毒液的更換周期
為了減小環境微生物的耐藥性，一般建議殺菌劑、殺真菌劑與殺孢子劑輪換使用，鼓勵有效消毒劑與殺孢子劑輪換使用。比較謹慎的做法是每周（或每月）使用殺孢子劑來增加殺菌消毒劑的每日使用量。殺孢子劑比較容易腐蝕設備，而且操作員長期接觸會帶來潛在的安全問題。所以消毒過程中一般會輪流使用。

潔凈室的清潔的頻率主要取決于與區域相關的風險因素，例如交通量（例如材料轉移氣閘和更衣室風險更高），該區域發生的過程的性質（例如 洗手間或處理粉末的區域風險較高）和使用的殺菌劑類型（低殘留消毒劑 = 風險較低）以及是否進行沖洗（無需沖洗的傳統消毒劑 = 高風險）。接觸時間是達到所需殺滅水平所需的時間。根據目標微生物的不同，產品可能具有不同的接觸時間（例如延長接觸時間以獲得殺孢子作用）。

有效的清潔和消毒是污染控制和 GMP 的關鍵部分，所以需要掌握消毒劑的正確使用方法，包括了解消毒劑的使用范圍、消毒液的配比方法等。

四、制藥車間清潔用品的選擇
GMP制藥車間對空氣中的顆粒物及細菌數都有著嚴格的要求，普通的抹布容易脫落纖維、微細顆粒從而影響到環境指標。所以在清潔過程中多數選擇滅菌的無塵抹布。拖把等清潔工具也要選擇高溫滅菌拖把。

蘇州阿爾法生物提供的制藥車間消毒液主要有：乙醇消毒液、復合醇消毒液、殺孢子劑、復方季銨鹽消毒液、過氧化氫消毒液等。提供的潔凈室用品包括滅菌抹布、一次性超細纖維無菌擦拭布、高溫滅菌拖把等。