Nature Commus: PippinHT助力UMI-ATAC-seq  技術(shù)，提高開放染色質(zhì)的檢測靈敏度
 

通過轉(zhuǎn)座酶獲取開放染色質(zhì)信息的測序技術(shù)，英文全稱為Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing。ATAC-seq測序技術(shù)的常規(guī)流程大致是，細胞或組織樣本在核質(zhì)分離后，將細胞核單獨收集在一起，然后通過轉(zhuǎn)座酶對核內(nèi)的染色質(zhì)進行打斷（轉(zhuǎn)座酶可以將自身結(jié)合的一段序列隨機插入到基因組中）。緊密包裹的染色質(zhì)DNA不會被轉(zhuǎn)座酶打斷，而開放區(qū)域的染色質(zhì)DNA會被轉(zhuǎn)座酶隨機插入并打斷。將這些打斷后的DNA收集在一起進行后續(xù)的建庫、測序和分析，即可得到開放染色質(zhì)的信息（見Fig.1）。開放性染色質(zhì)是指某個時間點同時進行轉(zhuǎn)錄的DNA區(qū)域，也被稱為可及性染色質(zhì)。
 

Fig.1  ATAC-seq技術(shù)示意圖
 

傳統(tǒng)ATAC-Seq測序技術(shù)的不足之處在于，由于存在PCR擴增步驟，使用標準的ATAC-seq流程無法從PCR擴增產(chǎn)生的PCR duplicates（NGS中由于PCR bias而產(chǎn)生的重復(fù)reads被稱作duplicates，它是正常測序過程中伴隨的一種冗余的誤測序產(chǎn)物，由于這些重復(fù)序列并不能帶來額外信息，相反會影響變異檢測結(jié)果的準確性，因此下游生信分析中需要去除這些重復(fù)序列）中準確地識別出獨立產(chǎn)生的相同Tn5插入。
 

改良的UMI-ATAC-seq測序技術(shù)

 

 

2020年11月份發(fā)表在Nature子刊《Communications Biology》上的一篇文章中，來自中國華中農(nóng)業(yè)大學的科研工作者提出對標準的ATAC-seq技術(shù)進行改良，將帶有標準TruSeq測序接頭的獨特分子標簽（Unique Molecular Identifiers ，簡稱UMI）添加至標準的ATAC-seq流程中，即UMI-ATAC-seq測序技術(shù)（見Fig.2）。 具有相同UMI標簽的完全相同的DNA片段是由同一來源模板經(jīng)過PCR擴增產(chǎn)生的，而帶有不同UMI標簽的完全相同的DNA片段則可能來自不同的細胞或基因組。因此該技術(shù)通過引入獨特的分子標簽UMIs，能夠從PCR duplicates中準確地識別出獨立產(chǎn)生（不同細胞/基因組來源的）的但是序列一致的 Tn5插入reads。他們隨后證明了UMI-ATAC-seq技術(shù)能夠更加準確地量化染色質(zhì)的可及性/開放性，并提高了轉(zhuǎn)錄本的識別靈敏度。該文章指出，UMI-ATAC-seq對比標準的ATAC-seq技術(shù)，可以保留并識別出約20%被誤判為PCR duplicates的有用 reads，避免了有效信息的丟失。其中，文庫制備過程中的PCR擴增產(chǎn)物，通過PippinHT實現(xiàn)180-600bp的片段選擇，繼而使用TruSeq測序引物，在illumina測序平臺進行測序分析。
 

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原文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s42003-020-01403-4

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