總體上說，電噴霧質譜對鹽的耐受能力較低。
 
鹽類包括：小分子鹽（有機鹽、無機鹽）、大分子鹽（低聚合物）等。一般小分子鹽的摩爾濃度比較高，在電噴霧系統中有強烈的競爭性離子化作用，導致較強的離子抑制效應，使得待測物的靈敏度明顯降低。其次，鹽類的存在將產生一系列的離子加合峰，使得譜圖的解析變復雜。此外，太多的鹽類會腐蝕和污染質譜系統硬件，嚴重時導致硬件損壞，需要及時清洗。
 
對于液質聯用來說，反相體系有較高的鹽耐受力。需要根據柱子系統有目標的控制鹽濃度。一般，鹽濃度太高時，可稀釋到2M以下再進樣。
 
需要注意的是，一些不揮發鹽，如磷酸鹽、氯化鈉等，盡量少用。
 
在某些場合，需要加特定的微量鹽類以增加被測物的離子化，如糖類，核苷酸類等。
 
簡單地說，高濃度的鹽對電噴霧有明顯負作用。微量鹽可能有助于某些物質的靈敏度提高。
 
在進樣前，一般要進行脫鹽處理。最簡單的方法是稀釋（如果待測樣本的濃度較高），然后是脫鹽柱（分子篩、反相等）、超濾、沉淀或萃取、離子交換等方法。

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