轉座子測序簡介
轉座子(transposon,Tn)是存在于染色體DNA上可自主復制和位移的基本單位，在細菌的染色體、質粒或噬菌體之間可以自行移動，通過切割、整合等過程從基因組的一個位置“跳躍”至另一位置。當轉座子插入某段基因時，該基因的功能將被破壞，基于這樣的特點，轉座子經常被用于插入突變的實驗中。轉座子測序(transposon sequencing，Tn-seq)技術結合了轉座子插入誘變和二代測序技術，常被用于細菌基因功能的研究。

轉座子測序需要構建一個轉座子插入文庫，其中大多數或所有非必需基因（non-essential genes）都包含插入物，然后在特定的體外或體內（宿主感染）條件下培養。通過測序確定實驗的開始和結束時種群中每個突變體的相對頻率。從這些數據可以量化每個基因在每種情況下的適應性貢獻，分析出哪些基因是必需基因（essential genes）及推測基因與特定表型的相關性。例如，通過比較突變豐度來鑒定抗生素抗性基因。
 

Tn-seq測序原理和技術路線

自2009年首次報道Tn-seq技術以來，已開發了多種用于細菌的轉座子插入測序 (transposon insertion sequencing，TIS) 方法，包括插入測序(insertion sequencing，INSeq)、高通量插入軌跡深度測序(high throughputs insertion tracking by deepsequencing，HITS)、轉座子定向插入位點測序等。

杭州沃森生物技術有限公司自主研發的Tn-seq建庫流程可兼容多種突變體庫構建方法，只需明確轉座子序列信息即可構建二代測序文庫進行后續測序分析。

技術流程圖如下：
 

Tn-seq技術服務流程

數據分析流程

可視化結果

已發表文獻參考：

1. Jiawen Xiao, et al. Analysis of key genes for the survival of Pantoea agglomerans under nutritional stress. International Journal of Biological Macromolecules 253 (2023) 1270590.

2. Fan Yin, et al. Genome-wide identification of genes critical for in vivo fitness of multi-drug resistant porcine extraintestinal pathogenic Escherichia coli by transposon-directed insertion site sequencing using a mouse infection model. Virulence. 2023, VOL.14, NO.1, 2158708.

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