當用小牛血清白蛋白作為助溶劑時；白蛋白與Lipid A形成的Lipid A白蛋白復合物可完全溶于水，此復合物在真空干燥后仍可溶于水，這種溶解方法多年來被廣泛地用于Lipid A生物活性的研究。

Lipid A三乙胺或四乙胺鹽的溶解度較高，一般可達10～50mg/ml，真空干燥不影響其溶解度。Lipid A 三乙胺鹽的溶解度還取決于制備Lipid A時所用的水解方法。如果制備方法采用0.1mol/L HCl水解法，由于去除了Lipid A分子上酸敏感的1-磷酸，所形成的Lipid A即使經電透析轉化成相應的三乙胺鹽亦極難溶解，故磷酸基的存在對于Lipid A的溶解性是至關重要的。如果采用2mol/L HCl，由于HCl能與LPS中的陽離子快速且強烈地結合﹐在0℃的條件下作用幾分鐘后離心就可將Lipid A沉淀下來，用雙蒸水多次洗滌，將上清液中的鹽去除后得到酸性的LipidA，再用三乙胺中和滴定，得到水溶性較高的Lipid A 三乙胺鹽。低濃度Lipid A鈉鹽具可溶性，但當濃度增加到1mg/ml時，Lipid A鈉鹽溶液的黏度就會顯著增加。Lipid A的鈣、鎂、腐胺鹽幾乎完全不溶于水。由于LPS在強酸的條件下容易裂解成多糖和Lipid A，故強酸法不適合于LPS的去離子過程。

Lipid A是一種兩性分子，但雙糖骨架的親水性與脂肪酸的疏水性相比明顯較弱。因此，Lipid A與親水性的О-抗原及核心多糖分離后﹐游離的Lipid A水溶性降低，但可部分溶解于吡啶、三乙胺、二甲基亞礬等溶劑中。在溶解狀態時，游離的Lipid A具有完整內毒素的大部分毒性作用。