當處理多種類型的細胞(如免疫細胞，腫瘤細胞等)時，第一步是要從宿主組織中收集所需的細胞樣本。細胞分離，有時被稱為解體，涉及對細胞培養物的分解，獲得一個小細胞群體。目前，細胞分離有三種方法:機械分離法、酶解法和化學法。

機械分離

機械分離是三種方法中最簡單的一種，它用物理方法分解組織，如切割、擠壓或刮擦。通常使用研缽和杵式的工具來破壞和提取樣本，獲得組織碎片。在這些碎片中，所需的細胞松散地漂浮著，從而可進行下一步分離。
 

當處理松散關聯的樣本時，機械分離較為有效，因為處理速度很快。但機械分離也存在穩定性較差的問題，每次分離獲得的細胞產量和存活率相差很大。這種方法常用在分離骨髓、淋巴結、脾臟和其他結合不太緊密的組織。

酶解分離

酶解分離是使用特定的蛋白酶來分解細胞組織樣品。常使用胰蛋白酶或膠原酶等酶來消化組織碎片，以釋放目標細胞。消化酶的選取取決于組織類型， 合適的消化酶能大大加快細胞解離速率，也有利于獲得更高的細胞產量。
 

酶解可用于較為緊密的組織。消化酶可以減少纖維結締組織的數量，在處理肝臟等器官中可獲得更高的細胞產量。但這種方法較機械解離更耗時，消化酶也可能會改變靶細胞表面的蛋白質，從而改變它們的功能或影響識別。

化學分離

化學分離是利用了細胞內鍵結合的陽離子。陽離子帶正電，因此添加一種與它們有親和力的化合物會導致組織內的化學鍵溶解，從而達到細胞分離的目的。EDTA或依他酸等就常用于化學分離。
 

化學解離不會像酶解離那樣改變細胞表面，是一種非常安全和溫和的選擇。由于不傷害細胞，因此能保證細胞的高存活率和擴增后的細胞數量。但化學分離法可能需要很長時間，類似于酶解。化學分離影響因素較多，化學品的類型、數量、濃度和環境都會對這一過程的整體功能能力產生影響。這種方法通常用于胚胎細胞分離。

選擇正確的方法

在選擇細胞分離的方法時，有三個主要因素需要考慮: 分離時間、細胞量和樣本物種。就時間而言，如果樣本很大，碾壓細胞的風險較小，機械分離是最快最簡單的方法。但如果研究的是較為罕見的細胞，使用化學解離等溫和的方法可能是較為合適的。最后要考慮的是分離的是什么類型的組織。其中酶解法在細胞分離中適用范圍最廣，在分離方法的首選。

必要的改進

組織分離的最終目標是在不影響細胞活力或功能的情況下收集盡可能多的活細胞。這需要多種方法的結合和大量的研究才能取得成功。但不同實驗室之間的數據存在差異，以及缺乏標準化的組織細胞分離方法，這是目前細胞分離研究亟待解決這些問題。