虛擬篩選、高通量實驗篩選化合物庫
(含12,300種化合物)
靶向犬尿氨酸代謝途徑關鍵酶的新型化合物庫
KynureninePathway (犬尿氨酸途徑, KP)是色氨酸代謝的主要途徑，參與多個病理、生理過程。研究發現阿爾茨海默病、帕金森氏癥等多種神經退行性疾病中的 KP 代謝產物水平有明顯變化。KP 作為防治神經退行性疾病的治療靶點已引起人們的廣泛關注。Kynurenine Pathway Library 是通過分子對接、藥效團模型匹配等精心挑選的化合物庫，庫中化合物靶向犬尿氨酸代謝關鍵酶：indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase (TDO)、3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase(3-HAO)等。
Fig 1. IDO1 活性位點示意圖：左上為 2D0T (PDB ID)，左下為 4PK5 (PDB ID)，
右圖為用于分子對接的 Pocket-A、Pocket-B。(含8,960種化合物)
蛋白基序模擬物庫
針對蛋白質相互作用 (PPI)的藥物設計為疾病治療提供了廣泛的平臺和新的思路，是近年來藥物發現研究的熱點和重點。PPI 小分子抑制劑設計的關鍵點在于使小分子具有底物蛋白相互作用的特征，如模擬蛋白質二級結構：α-螺旋、β-折疊和 β-轉角。研究發現大多數 PPI 作用都由被稱為 ”hot spot” 的熱點殘基形成。以熱點殘基為起點來進行配體發現是 PPI 抑制劑設計中最為常用和有效的方法。通過分析熱點殘基、使用 ”three residue”等方法，Protein Mimetics Library 精選了可模仿常見蛋白基序的化合物。
(含9,070種化合物)
可能結合 RNA 的化合物庫
作為生命體“中心法則”的樞紐，RNA 不僅是基因表達的調控因子，而且具有調節蛋白質合成的能力。RNA 的調節異常會引發各種不同的人類疾病。以 RNA 為靶點進行藥物設計越來越引起人們的關注，在腫瘤治療和病毒控制等疾病中顯示出了誘人的應用前景。RNA Library 通過藥效團匹配、結構相似性搜索等方法精選了與能 RNA 二級結構產生相互作用的化合物。
Fig 3. RNA Library 中化合物舉例
(含3,454種化合物)
靶向微管蛋白的化合物庫
微管 (tubulin)是真核細胞中普遍存在且獨有的管狀細胞器結構，是細胞骨架的重要組成部分，在有絲分裂過程中起重要作用。抗微管類藥物是一類以細胞微管蛋白為作用靶點的藥物，通過抑制細胞的有絲分裂過程而產生抗腫瘤活性。Tubulin Librarys 是通過分子對接、2D 相似性和拓撲類似物搜索、使用分子和結構過濾器等精選的 3,454 種靶向微管蛋白的化合物庫。
以上化合物庫可以整庫用于高通量實驗篩選；也可以在 MCE 虛擬篩選后，選擇部分高分化合物組庫進行實驗驗證。
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