A: 有沒(méi)有人做過(guò)共價(jià)化合物的分子對(duì)接?

B:薛定諤有，covalent docking。

A:有沒(méi)有用過(guò)，結(jié)果可有價(jià)值?

B:我有替實(shí)驗(yàn)室?guī)熜肿鲞^(guò)一次，挺大的天然產(chǎn)物去對(duì)接，全塞進(jìn)腔里了，感覺(jué)有點(diǎn)不對(duì)勁。需要你去定義反應(yīng)位點(diǎn)，以及化合物的反應(yīng)基團(tuán)及類型，比如邁克爾加成。

殷賦科技:@A 你要針對(duì)少數(shù)化合物進(jìn)行對(duì)接還是大批量對(duì)接?處理方式可以不同。少量的話，就可以重點(diǎn)研究每一個(gè)對(duì)接構(gòu)象，批量的話，就不好一個(gè)一個(gè)看了。

針對(duì)少量化合物，我就用Dock6來(lái)做非共價(jià)對(duì)接，然后再挑選合適的Pose，手動(dòng)連接形成共價(jià)復(fù)合物。

A:通過(guò)分子對(duì)接的方法，能不能判斷與蛋白是否可以形成共價(jià)結(jié)合呢?

B:分子對(duì)接無(wú)法實(shí)現(xiàn)反應(yīng)過(guò)程，能否形成還是得參考文獻(xiàn)。

殷賦科技:共價(jià)結(jié)合的基礎(chǔ)是合適的構(gòu)象、反應(yīng)部位靠近，部分反應(yīng)需要水分子、金屬離子或輔酶的參與。按照這個(gè)前提條件去過(guò)濾，可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的，做QM/MM或者直接上實(shí)驗(yàn)吧。

盡管常規(guī)的分子對(duì)接無(wú)法實(shí)現(xiàn)反應(yīng)過(guò)程，但可以幫助我們pass掉不能形成共價(jià)結(jié)合的分子。

A:蛋白質(zhì)配體復(fù)合物下載后，怎么分析各種化學(xué)鍵?有哪些網(wǎng)站免費(fèi)可以用?

B:化學(xué)鍵最好人工分析，主要通過(guò)原子之間的幾何關(guān)系和原子性質(zhì)去判斷，不同軟件之間定義鍵的標(biāo)準(zhǔn)都是有一些區(qū)別的。

C:簡(jiǎn)單軟件MOE可以分析，pymol自身也有分析功能。具體在網(wǎng)上應(yīng)該是可以找到相關(guān)教程的，或者查文獻(xiàn)看看別人是如何做分析化學(xué)鍵的，但還是需要綜合自己判斷，確認(rèn)、分析、增補(bǔ)。

D:pdb官網(wǎng)，提供晶體的ligand interaction。具體見(jiàn)預(yù)覽圖下方的3D view>Ligand interaction，基本夠用。可以調(diào)整角度，位置，查看/隱藏鍵的類型。

A:請(qǐng)教下，有沒(méi)有可以把兩段蛋白(pdb)直接脫水縮合拼在一起的軟件?

B:我之前用過(guò)一個(gè)笨方法，modeller多模板同源建模，把拼接的序列寫進(jìn)fasta，指定兩個(gè)晶體結(jié)構(gòu)就能做出來(lái)，但是需要優(yōu)化，評(píng)分不是很好。

殷賦科技:如果脫水縮合的地方在空間上是緊挨著能夠成建的，直接手動(dòng)改下pdb文件，把兩鏈改成一條鏈，或者用MOE合并鏈。

C:請(qǐng)問(wèn)，怎么計(jì)算B-factor，用DS和薛定諤可以計(jì)算嗎?

D:B-factor可以直接從晶體結(jié)構(gòu)里面提取。