在之前舉辦的NGS系列講座中，我們邀請專家為您介紹了從樣本制備到數(shù)據(jù)解讀報(bào)告的全面NGS技術(shù)應(yīng)用。講座收到了眾多反饋與咨詢，在此我們總結(jié)出最受關(guān)注的7大問題，與您分享。

1 QIAGEN的靶向基因擴(kuò)增試劑盒能用在哪些NGS平臺？

GeneRead DNAseq Targeted Panels V2適用于Illumina®和Ion Torrent®測序儀。靶向富集后，您可依據(jù)所用的測序平臺，使用QIAseq 1-Step Amplicon Library Kit（用于Illumina測序儀）或GeneRead DNA Library Core L Kit（用于Ion Torrent測序儀）進(jìn)行測序文庫制備。

2 采用DNA靶向技術(shù)進(jìn)行液體活檢cfDNA測序時，最小測序深度建議是多少？

對于體細(xì)胞突變的位點(diǎn)的鑒定，我們建議測序深度為1500x。

3 PCR富集方法和捕獲富集法二者有何不同？我應(yīng)該用哪種方法？

芯片或雜交捕獲法適用于測序靶標(biāo)較長的情況。PCR富集方法則適用于目標(biāo)長度在1 Mb左右的靶標(biāo)富集。因此您需要依據(jù)研究需求選擇富集方法。PCR法特異性更高、均一性更好、可重復(fù)性更強(qiáng)。

4 QIAGEN的富集方法能夠檢測哪些類型的變異？

您可檢測點(diǎn)突變、插入/缺失突變和拷貝數(shù)變化。

5 我可以只為需要研究的位點(diǎn)定制panel嗎？

是的，您可使用GeneRead DNAseq Custom Builder定制您實(shí)驗(yàn)所需的多重PCR靶向富集panel。

6 我從液體活檢樣本中能獲得多少DNA？

從1 ml的血漿中能獲得約1–50ng的游離循環(huán)DNA。樣本類型（如腫瘤樣本或非腫瘤樣本）、樣本采集過程、儲存和處理的方法對于產(chǎn)量都會產(chǎn)生影響。

7 擴(kuò)增子通常會覆蓋基因所有的外顯子區(qū)域嗎，還是僅覆蓋需要研究的熱點(diǎn)區(qū)域？

兩種情況都可以。多數(shù)panel覆蓋靶基因的所有外顯子區(qū)域，而human tumor actionable mutation panel僅覆蓋需要研究的相關(guān)熱點(diǎn)區(qū)域。

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