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質譜法定量檢測組蛋白翻譯后修飾（PTMs）
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質譜法定量檢測組蛋白翻譯后修飾（PTMs）
Mod Spec®是一種質譜分析方法，用于測定超過80種不同組蛋白修飾的相對豐度。Mod Spec®用于研究疾病響應和藥物施用引起的表觀變化是個不錯的選擇。檢測得到的大量組蛋白修飾信息可幫助研究人員確定預期的表觀變化，而且還能夠幫助研究人員發現意想不到的變化，這可能會為研究提供更多有用且有趣的信息。
- 對表觀抑制劑的響應
- 正常 VS 病變細胞
- 敲除后的細胞或動物
- 抑制劑處理后的異種移植
- 人體活檢樣本
項目流程簡述：
將收集好的細胞或組織交給我們Active Motif，我們將完成組蛋白提取、上機樣品的準備、利用Thermo Scientific TSQ Quantum Ultra三重四極桿質譜聯用儀進行樣品的質譜分析。所有樣本一式三份，數據以易于理解的格式呈現。在樣本提交后的4-6周內我們將為您交付數據。
樣本要求：- 細胞量：2 – 5 百萬細胞
- 組織量：25 – 100 mg
| Mod spec®可檢測的組蛋白修飾 | ||
|---|---|---|
| H1.4: K25UN | H1.4: K25AC | H1.4: K25ME1 |
| H1.4: K25ME2 | H1.4: K25ME3 | ^H2A: K5UN |
| ^H2A: K5AC | ^H2A: K9UN | ^H2A: K9AC |
| ^H2A: K36UN | ^H2A: K36AC | ^H2A1: K13UN |
| ^H2A1: K13AC | ^H2A1: K15UN | ^H2A1: K15AC |
| ^H2A1: K15UB | ^H2A3: K13UN | ^H2A3: K13AC |
| ^H2A3: K15UN | ^H2A3: K15AC | ^H2A3: K15UB |
| *H3R2UN: K4UN | *H3R2UN: K4AC | *H3R2UN: K4ME1 |
| *H3R2UN: K4ME2 | *H3R2UN: K4ME3 | H3R2UN: Q5UN |
| H3R2UN: Q5ME1 | H3: K9UN | H3: K9AC |
| H3: K9ME1 | H3: K9ME2 | H3: K9ME3 |
| H3: K14UN | H3: K14AC | H3: K18UN |
| H3: K18AC | H3: K18ME1 | H3: Q19UN |
| H3: Q19ME1 | H3: K23UN | H3: K23AC |
| H3: K23ME1 | H3: R42UN | H3: R42ME2 |
| H3: R49UN | H3: R49ME2 | H3: Q55UN |
| H3: Q55ME1 | H3: K56UN | H3: K56AC |
| H3: K56ME1 | H3: K64UN | H3: K64AC |
| H3: K79UN | H3: K79AC | H3: K79ME1 |
| H3: K79ME2 | H3: K79ME3 | H3: K122UN |
| H3: K122AC | ♦H3.1: K27UN | ♦H3.1: K27AC |
| ♦H3.1: K27ME1 | ♦H3.1: K27ME2 | ♦H3.1: K27ME3 |
| ♦H3.1: K36UN | ♦H3.1: K36AC | ♦H3.1: K36ME1 |
| ♦H3.1: K36ME2 | ♦H3.1: K36ME3 | H3.3: K27UN |
| H3.3: K27AC | H3.3: K27M | H3.3: K27ME1 |
| H3.3: K27ME2 | H3.3: K27ME3 | H3.3: K36UN |
| H3.3: K36AC | H3.3: K36ME1 | H3.3: K36ME2 |
| H3.3: K36ME3 | H4: K5UN | H4: K5AC |
| H4: K8UN | H4: K8AC | H4: K12UN |
| H4: K12AC | H4: K16UN | H4: K16AC |
| H4: K20UN | H4: K20AC | H4: K20ME1 |
| H4: K20ME2 | H4: K20ME3 | |
^ 多種H2A亞型可能有貢獻了H2A修飾的信號
* H3R2me2和H3K4me2/3是相互排斥的修飾。H3R2甲基化阻止H3K4甲基化。因此，H3K4修飾僅在H3R2未修飾肽上呈現。有關更多信息，請參閱 Nature. 2007 Oct 18; 449(7164):933-7.
♦ H3.2可能會顯示出H3.1的信號
Mod Spec ®服務數據示例
GSK126是一種阻斷EZH2甲基轉移酶活性的抑制劑，導致H3K27me2和H3K27me3的整體降低。A） 從Active Motif的Mod Spec®分析中可以選擇H3修飾，確認H3K27甲基化顯著降低，同時乙酰化和未修飾的H3K27（以黃色突出顯示）增加。還檢測到H3K36的變化（以紅色突出顯示）。B） 選擇的H4修飾對GSK126處理的反應沒有顯示出顯著的變化。
NaB是一種通用的HDAC抑制劑，NaB處理可提高組蛋白乙酰化水平。左圖 顯示了選擇乙酰化和未修飾組蛋白位點的Mod Spec®數據。處理后所有位點的乙酰化都增加。未經修飾的肽在某些位置有信號，這些位置并在NaB處理后顯示相應的減少。B） 不同組蛋白殘基的甲基化不受NaB處理的影響。
Mod Spec®️工作流程
- 從樣本中提取組蛋白
- 用丙酸酐衍生化組蛋白。
- 蛋白質的質譜分析需要在注入質譜儀之前將蛋白質消化成短肽。然而，如果肽太小，它們不能在LC步驟中分離，如果太大，它們太復雜，無法分析。最常見的消化方法是胰蛋白酶，這是一種在賴氨酸和精氨酸殘基處分解蛋白質的酶。但這在分析組蛋白時是一個問題，因為組蛋白尾部富含賴氨酸，導致消化的肽太小。使用丙酸酐的丙酰化可以阻止賴氨酸的裂解，同時允許精氨酸的消化。所得肽的大小適合質譜分析。
- 組蛋白被胰蛋白酶消化。
- 樣品在三重四極桿質譜儀上進行分析。
- 篩選適當分子量的肽。
- 肽在碰撞室中進一步碎裂
- 選擇感興趣的肽片段并通過質譜分析
- 對碎片進行分析并繪制圖表，以顯示樣本之間的變化。
