產品簡介
利用三代測序平臺（PacBio和Nanopore）對某一物種的mRNA進行測序研究，無需打斷拼接，可直接獲得從5'端到3'端的高質量全長轉錄組信息，從而準確分析可變剪接、可變多聚腺苷酸化（APA）、融合基因、基因家族及非編碼RNA等信息。

產品優勢
a.超長讀長，無需將轉錄本打斷，直接讀取高質量全長轉錄本序列；
b.準確鑒定可變剪接、融合基因、基因家族、等位基因及非編碼RNA等信息；
c.能夠發現新的功能基因，補充基因組注釋。

技術路線


結果展示
可變剪接分析
mRNA前體通過不同的剪接方式產生不同的mRNA剪接異構體稱為可變剪切，可變剪切增加了真核生物基因表達的復雜程度和蛋白質功能，與生物學分子機制和人類疾病的發生有密切關系。對轉錄本發生的5種可變剪接事件情況進行統計,各樣品中預測的可變剪接事件數量統計。

可變多聚腺苷酸化
前體mRNA的可變多聚腺苷酸（alternative polyadenylation, APA）可能影響轉錄組多樣性、基因組的編碼能力以及基因的調控機制。采用TAPIS pipeline識別APA。對各個樣品所識別出的APA數量進行統計。

轉錄因子分析
轉錄因子(Transcription factor)是能與基因5`端上游特定序列專一性結合，從而保證目的基因以特定的強度在特定的時間與空間表達的蛋白質分子。對不同類型的轉錄因子個數進行統計。

lncRNA預測
將轉錄本各個編碼框上的蛋白序列與pfam數據庫做hmmscan同源搜索，能比對上的轉錄本即為具有某個蛋白結構域的轉錄本，即認為具有編碼能力，而無比對結果的轉錄本被認為是潛在的lncRNA，然后采用4款分析軟件鑒定得到的非編碼轉錄本取交集，用于后續lncRNA分析。

轉錄本GO分類
使用BLAST軟件將得到的新轉錄本序列與GO數據庫比對，獲得轉錄本的注釋信息，通過注釋結果，篩選與表型性狀相關的關鍵轉錄本，從而揭示生物學問題。


常見問題
Q1：相對二代普通轉錄組，三代全長轉錄組還有什么其他優點？
三代全長轉錄組（PacBio和Nanopore）能夠準確鑒定可變剪切類型、融合基因、基因家族及非編碼RNA等信息，同時采用Nanopore進行轉錄本定量更準確。

Q2：三代全長轉錄組能夠做定量分析？
A：PacBio由于芯片中 ZMW 孔數的限制，需要較大的數量才能達到飽和，成本比較高，目前常用二代來輔助定量。Nanopore可以在較低數據量測到飽和，適合轉錄本和基因的定量分析。

Q3：原核生物能否做全長轉錄組？
A：目前三代全長轉錄組的建庫方式采用調取polyA的方式，暫不能做原核物種測序。
 

北京果殼生物科技有限公司， 專注多組學與分子檢測技術的研究和應用。公司成立于2017年，創始團隊深耕基因檢測領域，歷任著名科研機構和上市公司骨干崗位。
公司在北京設有分子研發中心，占地面積約1500㎡，搭載Illumina iScan、NovaSeq 6000、10x Genomics、MassARRAY、KASP等中、高通量檢測平臺，為科研客戶提供多組學研究的綜合性解決方案。2020年，公司在成都建立臨床醫學檢驗所，具備臨床基因擴增檢驗資質，占地面積約5000㎡，為西南地區較大的實驗基地之一。擁有大規模基因組信息檢測、數據分析能力，標準的質量控制流程，能夠有效支撐臨床實踐過程中的檢測項目實施需求。
果殼生物的基因芯片平臺處于業內領先地位。公司先后自主研發ASA-CHIA芯片和GUOKE 50K芯片，廣泛應用于科研隊列研究和遺傳病篩查領域，大大降低了分子診斷技術在終端的使用成本，目前檢測能力高達10000例樣本/周。
果殼生物目前已累計服務全國300余家科研院所、三甲醫院，完成50萬余份樣本的基因檢測工作，與全球近20位分子診斷領域的頂尖科學和醫學專家建立深度合作，橫跨基礎研究、出生缺陷防控、個體化基因檢測等多個領域，致力于讓領先的基因組學檢測技術發揮更大的應用價值。

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