祝賀晶能生物客戶在國際胃腸病學(xué)雜志發(fā)表文章
來自復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)的研究人員證實，PTPN3激活突變促進(jìn)了膽管細(xì)胞癌癌細(xì)胞增殖和遷移，且與患者的腫瘤復(fù)發(fā)相關(guān)聯(lián)。這一研究發(fā)現(xiàn)發(fā)表在近期的發(fā)表在國際胃腸病學(xué)雜志（Gastroenterology，IF 11.675）上。
來自復(fù)旦大學(xué)的樊嘉(Jia Fan)教授、何祥火(Xiang–Huo He)和周儉（Jian Zhou）教授是這篇論文的共同通訊作者。樊嘉教授擅長肝臟腫瘤外科診療及肝臟移植。何祥火教授的主要研究領(lǐng)域為消化系惡性腫瘤發(fā)生于轉(zhuǎn)移分子機(jī)理研究。周儉教授主要研究方向為肝癌肝切除或肝移植術(shù)后復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移的防治。
在這篇文章中，研究人員利用這一測序技術(shù)對7對ICC腫瘤（肝內(nèi)膽管細(xì)胞癌intrahepatic cholangiocarcinoma，ICC）和周圍非腫瘤組織篩查了體細(xì)胞變異。基于外顯子組測序，他們鑒別出了ICC樣本中最頻繁改變的一些信號通路，證實其調(diào)控了蛋白質(zhì)磷酸化，并確定了最頻繁突變的基因是蛋白酪氨酸磷酸酶（PTPs）編碼基因。他們在其中4個ICC外顯子組中鑒別出9個編碼PTPs的基因發(fā)生了突變。隨后，他們又在124對ICC和非腫瘤樣本中篩查了這些突變。研究顯示51.6%的ICCs至少有1個PTP基因發(fā)生了體細(xì)胞突變；41.1%的有PTPN3突變。他們發(fā)現(xiàn)在細(xì)胞系中轉(zhuǎn)基因表達(dá)PTPN3基因可促進(jìn)細(xì)胞增殖、克隆形成和遷移。
研究人員證實，在ICC樣本中頻繁檢測到的PTPN3L232R和PTPN3L384H是一些功能獲得性突變；它們在細(xì)胞系中表達(dá)進(jìn)一步促進(jìn)了細(xì)胞增殖、克隆形成和遷移。ICC相關(guān)的一些PTPN3變異體改變了磷酸酶活性。具有PTPN3激活突變或高水平PTPN3蛋白的腫瘤患者相比于沒有這些特征的患者具有更高的疾病復(fù)發(fā)率。通過對來自患者的ICC樣本進(jìn)行全外顯子組測序，研究人員證實測試的40%腫瘤樣本包含PTPN3體細(xì)胞突變。并證實了PTPN3激活突變及高水平表達(dá)與腫瘤復(fù)發(fā)相關(guān)。從而為膽管細(xì)胞癌指出了一個潛在的預(yù)后標(biāo)記物及治療靶點。
外顯子組測序 （Exome sequencing）是近年發(fā)展起來的一種利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測序的基因組分析方法。由于外顯子組測序只需針對外顯子區(qū)域的DNA即可（目前由DNA變異引起的疾病估計有85%以上來自于外顯子組區(qū)域的變異），因此遠(yuǎn)比進(jìn)行全基因組序列測序更簡便、經(jīng)濟(jì)、高效，其目標(biāo)區(qū)域覆蓋度也更高，便于變異檢測。
目前，外顯子組測序已經(jīng)在米勒綜合癥、歌舞伎綜合癥、重型顱腦畸形等孟德爾疾病的研究中得到成功應(yīng)用。還有其它一些癌癥和復(fù)雜性疾病也應(yīng)用外顯子組測序觀察到高度相關(guān)的突變。
文章的外顯子測序?qū)嶒灪蛿?shù)據(jù)分析都在晶能生物技術(shù)（上海）有限公司完成。
原始出處：
Gao Q1, Zhao YJ2, Wang XY1, Guo WJ3, Gao S4, Wei L3, Shi JY1, Shi GM1, Wang ZC1, Zhang YN3, Shi YH1, Ding J3, Ding ZB1, Ke AW1, Dai Z1, Wu FZ5, Wang H3, Qiu ZP3, Chen ZA3, Zhang ZF3, Qiu SJ1, Zhou J6, He XH7, Fan J8.Activating Mutations in PTPN3 Promote Cholangiocarcinoma Cell Proliferation and Migration and Are Associated With Tumor Recurrence in Patients.Gastroenterology. 2014 May;146(5):1397-407. doi:10.1053/j.gastro.2014.01.062. Epub 2014 Feb 4.
Gao Q1, Zhao YJ2, Wang XY1, Guo WJ3, Gao S4, Wei L3, Shi JY1, Shi GM1, Wang ZC1, Zhang YN3, Shi YH1, Ding J3, Ding ZB1, Ke AW1, Dai Z1, Wu FZ5, Wang H3, Qiu ZP3, Chen ZA3, Zhang ZF3, Qiu SJ1, Zhou J6, He XH7, Fan J8.Activating Mutations in PTPN3 Promote Cholangiocarcinoma Cell Proliferation and Migration and Are Associated With Tumor Recurrence in Patients.Gastroenterology. 2014 May;146(5):1397-407. doi:10.1053/j.gastro.2014.01.062. Epub 2014 Feb 4.
http://www.genenergy.cn/contents/136/1582.html
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