單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟暨第一次“單細(xì)胞質(zhì)控研討會(huì)”召開(kāi)
2022 年 01月13日 上海伯豪生物技術(shù)有限公司官網(wǎng)消息，“單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟”成立儀式｜暨第一次：“單細(xì)胞質(zhì)控研討會(huì)”順利召開(kāi)！
2022 年 1 月 13 號(hào)，由蘇州思萃免疫研究所主辦，及智（蘇州）醫(yī)學(xué)技術(shù)公司協(xié)辦，聯(lián)合 10X Genomics、BD、 伯豪生物、 新格元、歐易生物、諾禾致源、百奧智匯，以及復(fù)旦附屬金山醫(yī)院、上海市仁濟(jì)醫(yī)院、上海市免疫學(xué)研究所的多位專(zhuān)家教授，共同發(fā)起的單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟成立儀式暨 2022 第一次單細(xì)胞質(zhì)控研討會(huì)，在上海科學(xué)會(huì)堂思南樓圓滿落幕。
本次研討會(huì)圍繞單細(xì)胞行業(yè)的現(xiàn)實(shí)痛點(diǎn)，以及未來(lái)單細(xì)胞行業(yè)發(fā)展趨勢(shì)、數(shù)據(jù)產(chǎn)生過(guò)程中的諸多質(zhì)控細(xì)節(jié)，進(jìn)行了深入討論。并邀請(qǐng)了科技服務(wù)公司的技術(shù)負(fù)責(zé)人、單細(xì)胞領(lǐng)域的專(zhuān)家學(xué)者進(jìn)行發(fā)言和總結(jié)。
在本次會(huì)議上，上海市免疫學(xué)研究所所長(zhǎng)蘇冰老師先做致辭，蘇老師提及了單細(xì)胞技術(shù)在免疫學(xué)研究領(lǐng)域的各種應(yīng)用范疇，以及免疫細(xì)胞 Marker 的發(fā)展歷程，希望各位同道以此次細(xì)胞質(zhì)控研討會(huì)為契機(jī)，將單細(xì)胞質(zhì)控的各項(xiàng)指標(biāo)逐漸形成行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，使單細(xì)胞行業(yè)更加健康的發(fā)展。
及智醫(yī)學(xué)公司負(fù)責(zé)人程小濤作了單細(xì)胞行業(yè)的行業(yè)發(fā)展預(yù)測(cè)，首先總結(jié)了 2017 年以來(lái)的國(guó)內(nèi)單細(xì)胞年樣品數(shù)據(jù)總產(chǎn)出，預(yù)測(cè) 2022 年預(yù)計(jì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)出 10-12 萬(wàn)例單細(xì)胞數(shù)據(jù)，未來(lái)幾年可能更多會(huì)應(yīng)用于藥物研發(fā)、農(nóng)林、臨床檢測(cè)等領(lǐng)域。同時(shí)，結(jié)合自身多年的從業(yè)經(jīng)驗(yàn)，指出，組織的豐富來(lái)源，懸液制備方法的多種多樣，細(xì)胞捕獲不均一，選擇抽核方法還是懸液方法，以及空間轉(zhuǎn)錄組的腫瘤邊界預(yù)測(cè)、單細(xì)胞售后服務(wù)等，均成為科技服務(wù)公司普遍面臨的困難。因此，需要作為數(shù)據(jù)生產(chǎn)方的科研服務(wù)公司，以及擁有較多真實(shí)數(shù)據(jù)處理經(jīng)驗(yàn)的研究團(tuán)隊(duì)，共同來(lái)將這些面臨的困難總結(jié)、整理，形成行之有效的經(jīng)驗(yàn)，為科研界做分享。
單細(xì)胞算法開(kāi)發(fā)和應(yīng)用專(zhuān)家 / 上海市免疫學(xué)研究所葉幼瓊研究員做了單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄測(cè)序的質(zhì)控的報(bào)告，她總結(jié)了目前單細(xì)胞質(zhì)控中常用的批次矯正、雙細(xì)胞檢測(cè)等 115 個(gè)工具，并根據(jù)她之前的分析經(jīng)驗(yàn)，指出不同組織、不同細(xì)胞類(lèi)型、不同疾病狀態(tài)等條件下，線粒體基因數(shù)的過(guò)濾設(shè)置也是極具個(gè)性化。在空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)質(zhì)控中，她提出過(guò)渡透化或者透化不當(dāng)，會(huì)對(duì)空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)影響比較大，并分享了她整理的空間轉(zhuǎn)錄組透化經(jīng)驗(yàn)，以及組織內(nèi)的空 spot 去除小工具，諸多算法、實(shí)驗(yàn)相關(guān)的干貨細(xì)節(jié)得到了與會(huì)科服公司的一致認(rèn)同。
在自由討論環(huán)節(jié)， 參會(huì)的各企業(yè)代表人： 分別在各自的角度作了發(fā)言，總結(jié)如下：
1，單細(xì)胞質(zhì)控中，比較關(guān)鍵的是從前期的樣品采集開(kāi)始，樣品采集部位、運(yùn)輸條件、懸液制備方法（比如為了獲得更好的解離效果而使用多種酶）、抽核方法、空間轉(zhuǎn)錄組的透化條件等，均對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)影響比較大。具有豐富的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)與數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)的齊晶晶博士指出，以結(jié)直腸癌，胰腺癌為例，不同組織硬度不同，其所使用酶種類(lèi)、濃度及消化時(shí)間均不同；此外，硬度大的組織需考慮細(xì)胞碎片對(duì)細(xì)胞捕獲率的影響，以及產(chǎn)生的 Ambient RNA 對(duì)后續(xù)細(xì)胞注釋時(shí)，Marker 基因污染的影響。專(zhuān)家顧問(wèn)團(tuán)成員，同時(shí)也是作為第一作者發(fā)表過(guò) Nature 文章的伍寧波研究員指出，單細(xì)胞技術(shù)和流式技術(shù)還是有較大的區(qū)別，針對(duì)免疫細(xì)胞的單細(xì)胞項(xiàng)目，在樣品量充足的情況下（如小鼠樣品），可以先做流式鑒定，在做單細(xì)胞測(cè)序，兩種技術(shù)結(jié)合起來(lái)可以挖掘到更真實(shí)準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)。與會(huì)的多位企業(yè)負(fù)責(zé)人也分享了某些特定組織類(lèi)型的細(xì)胞捕獲率不均一的問(wèn)題，并指出這些類(lèi)型的組織確實(shí)存在捕獲率過(guò)低的現(xiàn)象，這一經(jīng)驗(yàn)的分享，也同樣再次得到了與會(huì)科服公司的認(rèn)同！
2，在數(shù)據(jù)分析層面，鄒欣研究員指出：?jiǎn)渭?xì)胞批次矯正方法會(huì)對(duì)單細(xì)胞的后期分析影響比較大，矯正過(guò)渡會(huì)導(dǎo)致組間差異基因的丟失，因此不同組織批次矯正算法的選擇，也是一個(gè)非常重要的細(xì)節(jié)。鐘怡研究員分享了某種組織的某個(gè)特定 T 細(xì)胞亞群丟失的問(wèn)題，此類(lèi)研究也是作為一種超出目前免疫認(rèn)知的單細(xì)胞數(shù)據(jù)現(xiàn)象，引起了與會(huì)專(zhuān)家的共鳴。
3，在單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟成立方面，與會(huì)專(zhuān)家、企業(yè)負(fù)責(zé)人共同表示，單細(xì)胞未來(lái)發(fā)展市場(chǎng)潛力巨大，但是確實(shí)由于組織異質(zhì)性的問(wèn)題，導(dǎo)致數(shù)據(jù)產(chǎn)出、數(shù)據(jù)分析面臨較多難點(diǎn)。因此，現(xiàn)階段仍然處于行業(yè)發(fā)展的早期階段，需要科技服務(wù)公司，與專(zhuān)家顧問(wèn)團(tuán)共同分享實(shí)操經(jīng)驗(yàn)。葉幼瓊研究員尤其提出，專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)開(kāi)發(fā)人員，有責(zé)任開(kāi)發(fā)更好的整合算法，將單細(xì)胞質(zhì)控的細(xì)節(jié)囊括其中，為科研界做出切實(shí)的貢獻(xiàn)！思萃免疫所負(fù)責(zé)人梁輝博士指出，單細(xì)胞質(zhì)控的工作量巨大，思萃免疫所會(huì)全力支持單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟的成立與后續(xù)活動(dòng)開(kāi)展。
該次研討會(huì)標(biāo)志著“單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟”的成立，下一步聯(lián)盟的專(zhuān)家團(tuán)隊(duì)會(huì)通過(guò)線上線下會(huì)議，匯總目前在分析過(guò)程中遇到的較多現(xiàn)實(shí)問(wèn)題，與聯(lián)盟成員的科技服務(wù)公司分享，通過(guò)密切交流，形成單細(xì)胞質(zhì)控參考，使得單細(xì)胞用戶能夠更清晰的掌握樣品信息，最終提升科技服務(wù)公司的項(xiàng)目成功率，并為用戶提供更好的數(shù)據(jù)分析的解決方案。在“單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟”工作過(guò)程中形成的行業(yè)質(zhì)控范圍共識(shí)，最終通過(guò)行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、科研論文等形式發(fā)布，為從事單細(xì)胞的企業(yè)和科研工作者的數(shù)據(jù)質(zhì)控提供參考和依據(jù)。
上海伯豪生物技術(shù)有限公司
021-58955370
｜單細(xì)胞測(cè)序｜單細(xì)胞RNA測(cè)序｜單細(xì)胞ATAC測(cè)序｜單細(xì)胞TCR/BCR測(cè)序｜單細(xì)胞核測(cè)序｜空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序｜
本次研討會(huì)圍繞單細(xì)胞行業(yè)的現(xiàn)實(shí)痛點(diǎn)，以及未來(lái)單細(xì)胞行業(yè)發(fā)展趨勢(shì)、數(shù)據(jù)產(chǎn)生過(guò)程中的諸多質(zhì)控細(xì)節(jié)，進(jìn)行了深入討論。并邀請(qǐng)了科技服務(wù)公司的技術(shù)負(fù)責(zé)人、單細(xì)胞領(lǐng)域的專(zhuān)家學(xué)者進(jìn)行發(fā)言和總結(jié)。
在本次會(huì)議上，上海市免疫學(xué)研究所所長(zhǎng)蘇冰老師先做致辭，蘇老師提及了單細(xì)胞技術(shù)在免疫學(xué)研究領(lǐng)域的各種應(yīng)用范疇，以及免疫細(xì)胞 Marker 的發(fā)展歷程，希望各位同道以此次細(xì)胞質(zhì)控研討會(huì)為契機(jī)，將單細(xì)胞質(zhì)控的各項(xiàng)指標(biāo)逐漸形成行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，使單細(xì)胞行業(yè)更加健康的發(fā)展。
及智醫(yī)學(xué)公司負(fù)責(zé)人程小濤作了單細(xì)胞行業(yè)的行業(yè)發(fā)展預(yù)測(cè)，首先總結(jié)了 2017 年以來(lái)的國(guó)內(nèi)單細(xì)胞年樣品數(shù)據(jù)總產(chǎn)出，預(yù)測(cè) 2022 年預(yù)計(jì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)出 10-12 萬(wàn)例單細(xì)胞數(shù)據(jù)，未來(lái)幾年可能更多會(huì)應(yīng)用于藥物研發(fā)、農(nóng)林、臨床檢測(cè)等領(lǐng)域。同時(shí)，結(jié)合自身多年的從業(yè)經(jīng)驗(yàn)，指出，組織的豐富來(lái)源，懸液制備方法的多種多樣，細(xì)胞捕獲不均一，選擇抽核方法還是懸液方法，以及空間轉(zhuǎn)錄組的腫瘤邊界預(yù)測(cè)、單細(xì)胞售后服務(wù)等，均成為科技服務(wù)公司普遍面臨的困難。因此，需要作為數(shù)據(jù)生產(chǎn)方的科研服務(wù)公司，以及擁有較多真實(shí)數(shù)據(jù)處理經(jīng)驗(yàn)的研究團(tuán)隊(duì)，共同來(lái)將這些面臨的困難總結(jié)、整理，形成行之有效的經(jīng)驗(yàn)，為科研界做分享。
1，單細(xì)胞質(zhì)控中，比較關(guān)鍵的是從前期的樣品采集開(kāi)始，樣品采集部位、運(yùn)輸條件、懸液制備方法（比如為了獲得更好的解離效果而使用多種酶）、抽核方法、空間轉(zhuǎn)錄組的透化條件等，均對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)影響比較大。具有豐富的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)與數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)的齊晶晶博士指出，以結(jié)直腸癌，胰腺癌為例，不同組織硬度不同，其所使用酶種類(lèi)、濃度及消化時(shí)間均不同；此外，硬度大的組織需考慮細(xì)胞碎片對(duì)細(xì)胞捕獲率的影響，以及產(chǎn)生的 Ambient RNA 對(duì)后續(xù)細(xì)胞注釋時(shí)，Marker 基因污染的影響。專(zhuān)家顧問(wèn)團(tuán)成員，同時(shí)也是作為第一作者發(fā)表過(guò) Nature 文章的伍寧波研究員指出，單細(xì)胞技術(shù)和流式技術(shù)還是有較大的區(qū)別，針對(duì)免疫細(xì)胞的單細(xì)胞項(xiàng)目，在樣品量充足的情況下（如小鼠樣品），可以先做流式鑒定，在做單細(xì)胞測(cè)序，兩種技術(shù)結(jié)合起來(lái)可以挖掘到更真實(shí)準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)。與會(huì)的多位企業(yè)負(fù)責(zé)人也分享了某些特定組織類(lèi)型的細(xì)胞捕獲率不均一的問(wèn)題，并指出這些類(lèi)型的組織確實(shí)存在捕獲率過(guò)低的現(xiàn)象，這一經(jīng)驗(yàn)的分享，也同樣再次得到了與會(huì)科服公司的認(rèn)同！
2，在數(shù)據(jù)分析層面，鄒欣研究員指出：?jiǎn)渭?xì)胞批次矯正方法會(huì)對(duì)單細(xì)胞的后期分析影響比較大，矯正過(guò)渡會(huì)導(dǎo)致組間差異基因的丟失，因此不同組織批次矯正算法的選擇，也是一個(gè)非常重要的細(xì)節(jié)。鐘怡研究員分享了某種組織的某個(gè)特定 T 細(xì)胞亞群丟失的問(wèn)題，此類(lèi)研究也是作為一種超出目前免疫認(rèn)知的單細(xì)胞數(shù)據(jù)現(xiàn)象，引起了與會(huì)專(zhuān)家的共鳴。
3，在單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟成立方面，與會(huì)專(zhuān)家、企業(yè)負(fù)責(zé)人共同表示，單細(xì)胞未來(lái)發(fā)展市場(chǎng)潛力巨大，但是確實(shí)由于組織異質(zhì)性的問(wèn)題，導(dǎo)致數(shù)據(jù)產(chǎn)出、數(shù)據(jù)分析面臨較多難點(diǎn)。因此，現(xiàn)階段仍然處于行業(yè)發(fā)展的早期階段，需要科技服務(wù)公司，與專(zhuān)家顧問(wèn)團(tuán)共同分享實(shí)操經(jīng)驗(yàn)。葉幼瓊研究員尤其提出，專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)開(kāi)發(fā)人員，有責(zé)任開(kāi)發(fā)更好的整合算法，將單細(xì)胞質(zhì)控的細(xì)節(jié)囊括其中，為科研界做出切實(shí)的貢獻(xiàn)！思萃免疫所負(fù)責(zé)人梁輝博士指出，單細(xì)胞質(zhì)控的工作量巨大，思萃免疫所會(huì)全力支持單細(xì)胞質(zhì)控聯(lián)盟的成立與后續(xù)活動(dòng)開(kāi)展。
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｜單細(xì)胞測(cè)序｜單細(xì)胞RNA測(cè)序｜單細(xì)胞ATAC測(cè)序｜單細(xì)胞TCR/BCR測(cè)序｜單細(xì)胞核測(cè)序｜空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序｜
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