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第三代PCR技術即數字PCR（digtal PCR）技術，可以實現對起始樣品核酸的絕對定量。在反應體系中加入熒光染料的同時將反應體系進行分區，實現單分子模板擴增，最后通過陽性反應器數直接讀出目標序列的拷貝數，可以對低拷貝基因進行檢測，彌補了熒光PCR的不足。因其出色的靈敏度和精確度，數字PCR在檢測微量核酸樣本，稀有突變，拷貝數變異，復雜樣品檢測等方面均有廣泛的應用前景。

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