PAG2015：Blue Pippin在咖啡基因組測序中的應用

瀏覽次數：2588　發布日期：2015-3-5　來源：本站　本站原創，轉載請注明出處

在2015年1月份美國圣地亞哥舉辦的植物和動物基因組學大會（Plant and Animal Genome，PAG）上，咖啡基因組的研究成為熱點。來自哥倫比亞國家咖啡研究中心的科學家們提出一項新的計劃，鑒定分析咖啡基因組中的遺傳元件，用于幫助種植戶培育更好適應氣候變化的新品種。

咖啡的產量最近幾年波動很大，咖啡葉銹病在拉丁美洲流行，已造成超過10億美元的經濟損失。科學家們認為，是氣候變化造成咖啡作物對蟲害和病害愈發敏感。咖啡研究中心工作人員與PacBio公司合作，使用第三代測序技術對小果咖啡卡杜拉品種（Coffea arabica cv. Caturra）進行長片段測序，已獲得60×的數據，并得到組裝后的基因組序列。

科學家們正計劃用另一種咖啡（C. eugenioides）基因組的高質量測序數據驗證得到的組裝結果。C. eugenioides 的測序數據是由Rohe454和illumina公司二代測序儀共同完成的。

科學家團隊希望這項工作能夠極大提高對咖啡遺傳特性和基因組的認識和理解，培育出更有抗性和更健康的咖啡作物品種。

以上測序研究工作使用到了美國Sage公司的Blue Pippin長片段基因組DNA回收系統，用于測序建庫工作。基因組測序組裝要求建庫階段拿到長度均一的DNA片段，用于下一步的測序工作。每次測序實驗要求的DNA片段長度都有不同，根據模板、測序儀平臺以及具體實驗要求等因素來確定，比如二代測序可能會要求片段長度控制在180bp、270bp、400bp、600bp不等，而三代測序則會要求片段長度更長，比如5kb、10kb、20kb等。傳統方法是使用切膠回收或者磁珠法回收特定大小的DNA片段，但其重復性、準確性都不能充分滿足高通量測序的實驗要求，影響實驗效率、組裝結果，以及實驗成本。美國Sage Science公司開發的Pippin系列全自動核酸片段回收設備能夠有效解決這些問題，并已有大量的文獻驗證。Sage公司現已開發出四款產品：Pippin Prep、Blue Pippin、Sage ELF、Pippin HT，用以滿足不同類別客戶的需求。在歐美，Pippin系列設備已逐漸成為測序實驗室標準配置，并被illumina、Lifetech、PacificBio的測序儀生產廠家直接推薦。在國內，Sage設備也已開始大量裝備各級別測序實驗室，廣受客戶歡迎。

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