NimbleGen序列捕獲用于非小細胞肺癌循環腫瘤DNA測定
靶向捕獲讓ctDNA無處遁形——
NimbleGen序列捕獲技術用于非小細胞肺癌循環腫瘤DNA測定
循環腫瘤DNA（ctDNA）是一類具備廣泛應用前景的腫瘤標志物，可用于腫瘤發展及預后狀態的無創測定�，F有的ctDNA檢測方法要根據每位癌癥患者的情況來制定繁瑣的檢測步驟，且敏感度低，難以適用于廣泛的臨床應用。近期在Nature Medicine上發表的一篇文章中1，研究人員介紹了一種全新的ctDNA檢測技術：癌癥個體化深度測序分析方法（CAPP-Seq，cancer personalized profiling by deep sequencing）。該方法利用定制化的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library作為”篩選器”(selector)對樣本進行靶向捕獲后再進行深度測序，其對非小細胞肺癌（NSCLC）的ctDNA檢測結果靈敏度高，特異性強且經濟可行。
研究者從腫瘤基因突變數據庫（COSMIC）等來源找出與NSCLC復發突變相關的外顯子，再對來自腫瘤基因圖譜（The Cancer Genome Atlas)數據庫的407位NSCLC患者全基因組測序結果進行篩選，并應用迭代算法使篩選出的區域在充分覆蓋每個樣本的錯義突變的同時盡可能的精簡。由于部分NSCLC有ALK、ROS1、RET相關的重排，因此研究者也將這些基因中復發突變的外顯子或內含子一并包含在目標區域內。羅氏NimbleGen根據以上區域定制了NimbleGen SeqCap EZ Choice Library靶向序列捕獲產品作為本次CAPP-Seq的”篩選器”，包含了139個相關基因的521個外顯子和13個內含子，共約125kb。NimbleGen”篩選器”有效的把測序區段濃縮到整個基因組大小的0.004%，使得后續超高深度測序得以實現。
研究者還在不同階段的非小細胞肺癌（NSCLC）中對CAPP-Seq進行了驗證，發現II-IV期的NSCLC中檢測敏感性為100%，I期的NSCLC中敏感性為50%，而且在各期肺癌中的特異性均在96%，甚至ctDNA比例低至約0.02%的時候也還能夠被CAPP-Seq檢測到.II-IV期和所有分期的肺癌樣本中，根據ROC曲線計算出的AUC值分別為0.99和0.95，足以見得CAPP-Seq檢測的威力。
研究者還發現，除去兩例I期樣本腫瘤大小明顯高于其ctDNA值所對應的大小外，用CAPP-Seq測定的ctDNA水平和腫瘤大小(用CT和PET評估) 之間存在顯著相關性（p＝0.0002，R2=0.89）。后續研究發現， ctDNA水平隨著病程進展和相應的治療也在不斷的變化。研究者對于7例陽性和3例陰性樣本進行了腫瘤樣本（侵入性活檢）和血液樣本（非侵入性CAPP－Seq檢測）的篩查和基因型檢測對比，結果發現CAPP－Seq能夠準確測定肺癌的基因型，其檢測效能與作為金標準的腫瘤活檢相比毫不遜色。
雖然本研究主要是基于肺癌，但研究人員認為，CAPP-Seq法將會廣泛應用于臨床，檢測多種類型的惡性腫瘤，促進個性化癌癥治療的發展。
擔當CAPP-Seq這一新方法中舉足輕重的“篩選器”重任的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library因其靈活的個性化定制和高效的靶向捕獲能力，使得對于不同腫瘤特異性的ctDNA的捕獲富集成為可能，成為CAPP-Seq進軍臨床的助推器�；诎邢蚋患透咄繙y序技術的CAPP-Seq是否能成為ctDNA檢測的金標準，讓我們拭目以待吧！
1.Newman A M, Bratman S V, To J, et al. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage[J]. Nature medicine, 2014.
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