羅氏454 GS Junior HLA分型獲得歐洲認(rèn)可

瀏覽次數(shù)：3472　發(fā)布日期：2013-3-14　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

GS Junior HLA分型獲得歐洲認(rèn)可

羅氏454測序在HLA分型方面的應(yīng)用由來已久。最近，奧地利一實(shí)驗(yàn)室對臨床樣本通過GS Junior測序?qū)崿F(xiàn)了高分辨率分型，該平臺已經(jīng)于去年底通過歐洲認(rèn)證，將在納入奧地利的醫(yī)療保險(xiǎn)體系，用于病人移植前配型。

負(fù)責(zé)該實(shí)驗(yàn)的研究人員表示通過GS Junior可以高效、低價(jià)以及高分辨率對HLA基因進(jìn)行分型，結(jié)果可用于移植前的配型。該實(shí)驗(yàn)室自主建立了測序前樣本制備自動化方案，測序?qū)嶒?yàn)方案，以及測序后的生物信息分析流程，結(jié)合GS Junior的高通量單克隆測序，可以達(dá)到現(xiàn)有的Sanger測序HLA分型準(zhǔn)確性，而又擁有成本和價(jià)格方面優(yōu)勢，足以代替原有方法。

在目前的實(shí)驗(yàn)中，一次GS Junior實(shí)驗(yàn)可10個(gè)樣本、每個(gè)樣本17個(gè)外顯子同時(shí)測序，這些測序位點(diǎn)既包括常用的HLA基因分型測序外顯子如HLA I類、II類基因的第2、3外顯子，而且為進(jìn)行高分辨率判斷，還包括了額外的部分內(nèi)含子和外顯子區(qū)域如HLA-C基因的第7外顯子。

文庫制備的自動化方案依靠Hamilton的自動化移液平臺實(shí)現(xiàn)，僅需要一個(gè)實(shí)驗(yàn)員2個(gè)小時(shí)的手工操作時(shí)間，就可以滿足該平臺的通量需求，因而保證了GS Junior平臺的臨床應(yīng)用。數(shù)據(jù)分析方面，采用了Conexio公司的一款基于454測序數(shù)據(jù)而開發(fā)的軟件，實(shí)驗(yàn)室成功建立對大量數(shù)據(jù)有效數(shù)據(jù)分析流程。

該實(shí)驗(yàn)室在2012年的這一實(shí)驗(yàn)平臺對172個(gè)病人進(jìn)行分型，這些病人已有Sanger測序數(shù)據(jù)以及部分親屬的Sanger測序結(jié)果。比較后，發(fā)現(xiàn)GS Junior的結(jié)果與Sanger結(jié)果一致，部分結(jié)果甚至達(dá)到了更高的HLA基因型分辨率，從而獲得了平臺認(rèn)證。

454平臺之外，該實(shí)驗(yàn)室曾嘗試使用其他二代測序平臺進(jìn)行HLA測序，但從目前的數(shù)據(jù)結(jié)果來看其他平臺的數(shù)據(jù)還不能到達(dá)HLA分型的要求，主要原因在HLA分析對讀長要求高，只有在足夠長的讀長下才可以保證分型判斷的準(zhǔn)確性。

除了該實(shí)驗(yàn)室自主開發(fā)的這一測試之外，羅氏也有基于454平臺的HLA分型試劑盒GType HLA Kit可進(jìn)行高分辨率及中分辨率的分型，此外也有其他實(shí)驗(yàn)室在利用454平臺開發(fā)自己的實(shí)驗(yàn)流程。隨著更多這類試劑盒及自動化方案的推出，相信將為臨床等相關(guān)應(yīng)用提供更多參考信息。

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