羅氏454測序技術(shù)提高HIV耐藥檢測靈敏度
利用454測序技術(shù)進行HIV耐藥檢測可提高靈敏度
HIV耐藥性是指病毒對某種藥物敏感性降低，在某些核酸類藥物抑制下，病毒可通過自身基因突變獲得對這些藥物的抗藥性，而當(dāng)有抗藥性的病原微生物再傳染他人時，即可對這些藥物產(chǎn)生抗藥性。由于HIV繁殖存在錯誤率高的逆轉(zhuǎn)錄這一獨特的復(fù)制過程，因此在藥物治療中也最易出現(xiàn)耐藥性。當(dāng)前，HIV耐藥株已成為醫(yī)學(xué)界面臨的一個新挑戰(zhàn)。HIV耐藥檢測可用于HIV感染的輔助診斷、病程監(jiān)控、指導(dǎo)治療方案及療效判定、預(yù)測疾病進展等。傳統(tǒng)的基因型檢測方法是將HIV病毒的Pol基因區(qū)(蛋白酶區(qū)和逆轉(zhuǎn)錄酶區(qū))序列進行反轉(zhuǎn)錄擴增，通過Sanger測序技術(shù)獲得序列信息，與全球HIV耐藥基因數(shù)據(jù)對比分析耐藥位點，得到耐藥結(jié)果。這種檢測方法只能看到高于20%含量的耐藥位點突變情況，而且不能進行定量檢測。
近期，有研究者們利用GS Junior平臺一次性檢測10個HIV臨床樣本，這些病人之前用傳統(tǒng)技術(shù)診斷過，有9名發(fā)生了耐藥突變，另外11名沒有發(fā)生耐藥突變。結(jié)果在11人中的6人檢測結(jié)果里發(fā)現(xiàn)了新的低頻耐藥突變，發(fā)現(xiàn)的低頻耐藥突變種類高達50種。
該研究充分說明，利用454深度測序技術(shù)可以達到傳統(tǒng)檢測方法無法檢測的靈敏度，除了可以進行定量檢測耐藥位點突變情況外，還可檢測低至1%的突變情況，從而為HIV治療提供了更加準確的信息。該研究成果也發(fā)表在2013年1月的《臨床微生物學(xué)》雜志上。
參考文獻：
1. J Clin Microbiol. 2013 Jan 2.Evaluation of a Bench-Top HIV Ultra-Deep Pyrosequencing Drug-Resistance Assay in the Clinical Laboratory.Avidor B, Girshengorn S, Matus N, Talio H, Achsanov S, Zeldis I, Fratty IS, Katchman E, Brosh-Nissimov T, Hassin D, Alon D, Bentwich Z, Yust I, Amit S, Forer R, Shultsman IV, Turner D.
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